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Effective results for Shewanella frigidimarina NCIMB 400 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 692
- Predicted by EffectiveT3: 253 (high confidence), 311 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 24 within, 22 before, 57 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 15 eukaryotic-like domains, contained in 46 proteins (2 high, 44 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
318167.Sfri_0130(PF13551) (PF13592)(mitochondrial)
318167.Sfri_0673(PF13551) (PF13592)(mitochondrial)
318167.Sfri_0675(PF13551) (PF13592)(mitochondrial)
318167.Sfri_3793(PF13551) (PF13592)(mitochondrial)
318167.Sfri_3795(PF13551) (PF13592)(mitochondrial)
318167.Sfri_0793+(>)ER
318167.Sfri_1558(PF13551) (PF13592)(mitochondrial)
318167.Sfri_3918(<)ER
318167.Sfri_0966(>)mitochondrial
318167.Sfri_1568(>)ER
318167.Sfri_1690+mitochondrial; (mitochondrial)
318167.Sfri_0570+(ER)
318167.Sfri_0572(PF00849)mitochondrial; (mitochondrial)
318167.Sfri_2387+(mitochondrial)
318167.Sfri_0900(<)mitochondrial; (mitochondrial)
318167.Sfri_3657+(mitochondrial)
318167.Sfri_2844+(mitochondrial)
318167.Sfri_1865(>)ER
318167.Sfri_3391(PF00692)(mitochondrial)
318167.Sfri_2718+ER
318167.Sfri_1410+ER
318167.Sfri_0835+(mitochondrial)
318167.Sfri_0395(>)ER
318167.Sfri_2334(>)ER
318167.Sfri_2864(>)ER
318167.Sfri_2258(+)(PF00849)(mitochondrial)
318167.Sfri_1449(>)ER
318167.Sfri_1624+(ER)
318167.Sfri_3576(>)ER
318167.Sfri_0878(>)(mitochondrial)
318167.Sfri_1459(>)ER
318167.Sfri_0697(<)ER
318167.Sfri_1635+ER
318167.Sfri_2901+(mitochondrial); (plastid)
318167.Sfri_2349+ER
318167.Sfri_2589(PF05684)ER
318167.Sfri_2587+ER; (ER)
318167.Sfri_3368(<)ER
318167.Sfri_1933(<)ER
318167.Sfri_2171(<)ER
318167.Sfri_2335(>)ER
318167.Sfri_0529(>)ER
318167.Sfri_2022(>)ER
318167.Sfri_3163(<)(mitochondrial)
318167.Sfri_3542+ER
318167.Sfri_3895(>)ER
318167.Sfri_0206(<)mitochondrial; (mitochondrial)
318167.Sfri_1553(PF13551)(mitochondrial)
318167.Sfri_3986+ER
318167.Sfri_3058(>)(ER)
318167.Sfri_2552+ER
318167.Sfri_1018(PF11999)ER
318167.Sfri_1017(PF11999)(ER)
318167.Sfri_3143(PF13207)(mitochondrial)
318167.Sfri_0487(PF06468)ER
318167.Sfri_0486(PF06468)ER
318167.Sfri_1319+(ER)
318167.Sfri_0530(>)(ER); ER
318167.Sfri_3869+(ER)
318167.Sfri_1772+(mitochondrial)
318167.Sfri_3277(+)(mitochondrial)
318167.Sfri_0777(+)(mitochondrial); (plastid)
318167.Sfri_1358(+)ER
318167.Sfri_2855+(mitochondrial)
318167.Sfri_0911(PF00849)(mitochondrial)
318167.Sfri_3392+(PF00692)
318167.Sfri_1098(+)(mitochondrial)
318167.Sfri_2470+(plastid)
318167.Sfri_2494(+)ER
318167.Sfri_3128(+)(mitochondrial)
318167.Sfri_0645+(plastid)
318167.Sfri_1843(+)(ER)
318167.Sfri_3281+(mitochondrial)
318167.Sfri_2898+(mitochondrial)
318167.Sfri_0094(PF01679)ER; not used
318167.Sfri_1556(PF13592)(mitochondrial); not used
318167.Sfri_0451+(plastid)
318167.Sfri_2800(+)(mitochondrial)
318167.Sfri_2808+(plastid)
318167.Sfri_3571(+)mitochondrial; (mitochondrial)
318167.Sfri_1245+(plastid)
318167.Sfri_1126(+)(ER)
318167.Sfri_0801(+)ER
318167.Sfri_3967(+)(ER)
318167.Sfri_1150(+)(ER); plastid
318167.Sfri_2175(+)(mitochondrial); plastid
318167.Sfri_2575(+)(mitochondrial)
318167.Sfri_3557+(PF00849)
318167.Sfri_1134+(ER)
318167.Sfri_3827(+)(mitochondrial)
318167.Sfri_1633(+)ER
318167.Sfri_3169(+)(ER)
318167.Sfri_0250+(mitochondrial)
318167.Sfri_3436(+)mitochondrial; (mitochondrial)
318167.Sfri_2202+(mitochondrial)
318167.Sfri_0003+(mitochondrial)
318167.Sfri_2169(+)(>)plastid
318167.Sfri_1172+plastid
318167.Sfri_1173+plastid
318167.Sfri_2513(+)(PF03199) (PF03917)
318167.Sfri_2519(+)ER
318167.Sfri_0309(PF01679)ER; not used
318167.Sfri_1780(+)ER
318167.Sfri_2304+(>)
318167.Sfri_1162+(plastid)
318167.Sfri_2522+(ER)
318167.Sfri_0794(+)(ER)
318167.Sfri_0821(PF12392)(ER)
318167.Sfri_0555(+)mitochondrial
318167.Sfri_3048(+)+
318167.Sfri_3868(<)
318167.Sfri_2536(<)
318167.Sfri_2530+
318167.Sfri_2627+
318167.Sfri_3462+
318167.Sfri_3467+
318167.Sfri_0237+
318167.Sfri_1771+
318167.Sfri_1953(+)(<)
318167.Sfri_0813+
318167.Sfri_0967(>)
318167.Sfri_0563+
318167.Sfri_0564(>)
318167.Sfri_0585(>)
318167.Sfri_3617+
318167.Sfri_1218+
318167.Sfri_1367+
318167.Sfri_3264+
318167.Sfri_1692+
318167.Sfri_1691+
318167.Sfri_1699PF01536
318167.Sfri_1698+
318167.Sfri_2320+not used
318167.Sfri_1187+
318167.Sfri_3127+
318167.Sfri_2186(+)(<)
318167.Sfri_1985(+)(>)
318167.Sfri_3878(PF13551)
318167.Sfri_3905+
318167.Sfri_3904+
318167.Sfri_3271(+)plastid
318167.Sfri_3270+
318167.Sfri_3585+
318167.Sfri_2616(+)(>)
318167.Sfri_2614(>)
318167.Sfri_2618+
318167.Sfri_1836+
318167.Sfri_3677(>)
318167.Sfri_4051+
318167.Sfri_2141+
318167.Sfri_4058+
318167.Sfri_0512+
318167.Sfri_0511+
318167.Sfri_0515(PF00849)
318167.Sfri_0778(PF10013)not used
318167.Sfri_0578+
318167.Sfri_0577+
318167.Sfri_0603(PF00849)
318167.Sfri_0605+
318167.Sfri_0604+
318167.Sfri_1429+
318167.Sfri_2159+
318167.Sfri_2424(>)
318167.Sfri_3117+
318167.Sfri_1486(>)
318167.Sfri_2043+
318167.Sfri_2046+
318167.Sfri_3808(+)(mitochondrial)
318167.Sfri_2190(+)(mitochondrial)
318167.Sfri_2195+
318167.Sfri_2194+
318167.Sfri_2601+
318167.Sfri_2605+
318167.Sfri_2604(>)
318167.Sfri_1430+
318167.Sfri_1437(PF00849)
318167.Sfri_1824+
318167.Sfri_2127+
318167.Sfri_3840+
318167.Sfri_0991(>)
318167.Sfri_3845+
318167.Sfri_0346+
318167.Sfri_3383+
318167.Sfri_1505+
318167.Sfri_0634+
318167.Sfri_1727+
318167.Sfri_1347+
318167.Sfri_1654+
318167.Sfri_2291+
318167.Sfri_3101+
318167.Sfri_0765+
318167.Sfri_2078(PF12392)
318167.Sfri_0715+
318167.Sfri_3257(+)(plastid)
318167.Sfri_2163+
318167.Sfri_2706(PF00849)
318167.Sfri_3650(>)
318167.Sfri_0280+
318167.Sfri_0353+
318167.Sfri_1048+
318167.Sfri_0917(>)
318167.Sfri_0914+
318167.Sfri_0751+
318167.Sfri_1535+
318167.Sfri_1407+
318167.Sfri_1396+
318167.Sfri_1666+
318167.Sfri_1882+
318167.Sfri_1713+
318167.Sfri_1716+
318167.Sfri_2448+
318167.Sfri_3952+
318167.Sfri_2065+
318167.Sfri_3001(PF00849)
318167.Sfri_1863(>)
318167.Sfri_3716(<)
318167.Sfri_3393(PF00692)
318167.Sfri_1216+
318167.Sfri_3624+
318167.Sfri_3538(+)(>)
318167.Sfri_0724+
318167.Sfri_0727(PF05684)
318167.Sfri_0656+
318167.Sfri_0653(+)+
318167.Sfri_3099+
318167.Sfri_1159(>)
318167.Sfri_3098+
318167.Sfri_2329+
318167.Sfri_2472+
318167.Sfri_1873+
318167.Sfri_1874+
318167.Sfri_1878+
318167.Sfri_2654+
318167.Sfri_2655(+)(mitochondrial)
318167.Sfri_3705(>)
318167.Sfri_3837+
318167.Sfri_3830(PF00692)
318167.Sfri_2491+
318167.Sfri_0424+
318167.Sfri_2726+
318167.Sfri_4046(<)
318167.Sfri_0939+
318167.Sfri_1467+
318167.Sfri_1262(PF00849)
318167.Sfri_1260+
318167.Sfri_2860+
318167.Sfri_1066(>)
318167.Sfri_1111+
318167.Sfri_2503+
318167.Sfri_3022+
318167.Sfri_3023+
318167.Sfri_3024+
318167.Sfri_2201+
318167.Sfri_2396+
318167.Sfri_3608(+)plastid
318167.Sfri_0413+
318167.Sfri_1673+
318167.Sfri_0253+
318167.Sfri_0706(>)
318167.Sfri_1136+
318167.Sfri_0092(+)(PF00849)
318167.Sfri_0076+
318167.Sfri_1474+
318167.Sfri_1479(>)
318167.Sfri_1270(+)(plastid)
318167.Sfri_2251+
318167.Sfri_1103(+)+
318167.Sfri_2924+
318167.Sfri_0358+
318167.Sfri_2266+
318167.Sfri_3035+
318167.Sfri_3031+
318167.Sfri_3032+
318167.Sfri_3447+
318167.Sfri_1179+
318167.Sfri_2469(>)
318167.Sfri_3721+
318167.Sfri_2465(+)(mitochondrial)
318167.Sfri_2461+
318167.Sfri_3614(>)
318167.Sfri_3290+
318167.Sfri_3293+
318167.Sfri_3297+
318167.Sfri_0035+
318167.Sfri_0030+
318167.Sfri_0452+
318167.Sfri_0453+
318167.Sfri_0082(+)+
318167.Sfri_0886(PF00849)
318167.Sfri_0063+
318167.Sfri_0667(PF00849)
318167.Sfri_1928(+)(mitochondrial)
318167.Sfri_2243(PF00692)
318167.Sfri_2248+
318167.Sfri_1139+
318167.Sfri_1828(>)
318167.Sfri_3991+
318167.Sfri_3191+
318167.Sfri_2116+
318167.Sfri_3970+
318167.Sfri_3373+
318167.Sfri_1351+
318167.Sfri_2755(+)(plastid)
318167.Sfri_2751+
318167.Sfri_3574+
318167.Sfri_3409+
318167.Sfri_1030(<)
318167.Sfri_0278+
318167.Sfri_0274(+)(mitochondrial)
318167.Sfri_3836+
318167.Sfri_1149+
318167.Sfri_0054+
318167.Sfri_0052+
318167.Sfri_1581+
318167.Sfri_0185(+)plastid
318167.Sfri_1244+
318167.Sfri_1599+
318167.Sfri_2841+
318167.Sfri_1909(+)(>)
318167.Sfri_2840+
318167.Sfri_1903+
318167.Sfri_3600+
318167.Sfri_2231(>)
318167.Sfri_3184+
318167.Sfri_3182+
318167.Sfri_3969+
318167.Sfri_2764(<)
318167.Sfri_2765+
318167.Sfri_2562(PF00849)
318167.Sfri_2567+
318167.Sfri_0051+
318167.Sfri_0500+
318167.Sfri_2931(>)
318167.Sfri_0048+
318167.Sfri_0468(<)
318167.Sfri_1481+
318167.Sfri_1335(+)plastid
318167.Sfri_1025+
318167.Sfri_0689+
318167.Sfri_1023+
318167.Sfri_2820+
318167.Sfri_4038(<)
318167.Sfri_1157+
318167.Sfri_2916+
318167.Sfri_1803(+)(mitochondrial)
318167.Sfri_2358(+)(plastid)
318167.Sfri_1804+
318167.Sfri_2355+
318167.Sfri_2598(+)(plastid)
318167.Sfri_3178+
318167.Sfri_3315+
318167.Sfri_3738(>)
318167.Sfri_3426+
318167.Sfri_0980+
318167.Sfri_0855+
318167.Sfri_0321(<)
318167.Sfri_3823+
318167.Sfri_0145(>)
318167.Sfri_1491(PF00849)
318167.Sfri_2233+
318167.Sfri_2961+
318167.Sfri_1810+
318167.Sfri_2366(+)(>)
318167.Sfri_2365(>)
318167.Sfri_2363+
318167.Sfri_2360(+)(mitochondrial)
318167.Sfri_0825+
318167.Sfri_3091+
318167.Sfri_2143+
318167.Sfri_3899+
318167.Sfri_2546+
318167.Sfri_3544+
318167.Sfri_3237(+)(plastid)
318167.Sfri_3785+
318167.Sfri_3789(<)
318167.Sfri_3431(>)
318167.Sfri_4012+
318167.Sfri_0843(PF00849)
318167.Sfri_0447+
318167.Sfri_0446+
318167.Sfri_1317+
318167.Sfri_1791+
318167.Sfri_0557+
318167.Sfri_1776+
318167.Sfri_2204+
318167.Sfri_2200+
318167.Sfri_2979+
318167.Sfri_2517(+)(>)
318167.Sfri_1171+
318167.Sfri_1174+
318167.Sfri_3159+
318167.Sfri_2156+
318167.Sfri_3935+
318167.Sfri_3747+
318167.Sfri_2792+
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Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 0.5 (5/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 1.75 (14/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================