Effective results for Paenibacillus sp. JDR-2 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 1171
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 86 eukaryotic-like domains, contained in 1171 proteins (180 high, 991 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
324057.Pjdr2_3554PF00395 (PF02055) (PF02368) (PF17189) (PF03422)ER
324057.Pjdr2_1961(PF12733) (PF00754) (PF16403) PF00395ER
324057.Pjdr2_0221(PF02018) (PF06452) (PF00331) PF00395ER
324057.Pjdr2_1125(PF03648) (PF15979) (PF02368) PF00395ER
324057.Pjdr2_1850(PF00933) (PF14310) (PF01915)ER
324057.Pjdr2_4665(PF02057) (PF16403) PF00395ER
324057.Pjdr2_3944(PF12708) (PF03422) (PF00754)ER
324057.Pjdr2_1748(PF02743) (PF12833) (PF00672)ER
324057.Pjdr2_5572(PF02449) PF16116 PF00395ER
324057.Pjdr2_0951(PF02018) (PF03422) PF00395mitochondrial
324057.Pjdr2_4054(PF12708) PF16990 PF00395ER
324057.Pjdr2_1124(PF04616) (PF02368) PF00395ER
324057.Pjdr2_0824(PF02018) (PF00754) PF00395ER
324057.Pjdr2_5076(PF00754) (PF14498) PF00395ER
324057.Pjdr2_5272PF16116 (PF02368) PF00395ER; (ER)
324057.Pjdr2_0710(PF02727) (PF02728) (PF01179)mitochondrial; (mitochondrial)
324057.Pjdr2_4255(PF02018) (PF00331) (PF06452)ER
324057.Pjdr2_1173(PF12708) (PF06452) PF00395ER
324057.Pjdr2_4104(PF16499) PF00395ER
324057.Pjdr2_1445(PF02743) (PF00672)ER
324057.Pjdr2_2840(PF04616) (PF03422)ER
324057.Pjdr2_4040(PF02743) (PF00672)mitochondrial
324057.Pjdr2_5061(PF02743) (PF00672)mitochondrial
324057.Pjdr2_5278PF16990 PF16116ER
324057.Pjdr2_5040PF16990 PF00395(ER)
324057.Pjdr2_5048(PF02894) (PF01408)(ER)
324057.Pjdr2_4093(PF04616) PF00395ER
324057.Pjdr2_2000(PF00933) (PF01915)ER
324057.Pjdr2_0535(PF02743) (PF00672)(ER)
324057.Pjdr2_0894(PF02743) (PF00672)ER
324057.Pjdr2_3270(PF02743) (PF12833)ER
324057.Pjdr2_4700(PF02743) (PF00672)mitochondrial
324057.Pjdr2_1989(PF02743) (PF00672)ER
324057.Pjdr2_4654(PF16334) (PF16335) (PF17168) (PF08760)
324057.Pjdr2_4267(PF04616) (PF03422)ER
324057.Pjdr2_0954(PF02743) (PF00672)mitochondrial; (mitochondrial)
324057.Pjdr2_3630(PF00933) (PF14310) (PF01915)(mitochondrial)
324057.Pjdr2_1167(PF06452) PF00395ER
324057.Pjdr2_0205(PF12833) (PF01497)ER
324057.Pjdr2_6172(PF12833) (PF01497)(mitochondrial); (plastid)
324057.Pjdr2_5112(PF00933) (PF14310) (PF03422) (PF01915)
324057.Pjdr2_3616PF16990 (PF00754)ER
324057.Pjdr2_4059(PF02743) (PF00672)mitochondrial
324057.Pjdr2_0220(PF03663) (PF03422)ER
324057.Pjdr2_3676(PF00933) (PF14310) (PF03422) (PF01915)
324057.Pjdr2_1294(PF02743) (PF00672)mitochondrial
324057.Pjdr2_0653(PF02894) (PF01408)(mitochondrial)
324057.Pjdr2_0657(PF12833) (PF01497)mitochondrial
324057.Pjdr2_4158(PF14587) (PF17189)mitochondrial; (mitochondrial)
324057.Pjdr2_0269(PF02743) (PF00672)ER
324057.Pjdr2_1410(PF16403) PF00395ER
324057.Pjdr2_4289(PF02743) (PF00672)(mitochondrial)
324057.Pjdr2_0617PF16990 (PF00754)ER
324057.Pjdr2_0449(PF02743) (PF00672)ER
324057.Pjdr2_4110(PF02743) (PF12833)ER
324057.Pjdr2_5204(PF02894) (PF01408)(mitochondrial)
324057.Pjdr2_1458(PF02743) (PF00672)ER
324057.Pjdr2_2547(PF02743) (PF00672)mitochondrial
324057.Pjdr2_0777(PF02743) (PF00672)mitochondrial
324057.Pjdr2_4678(PF00754) (PF16656)ER
324057.Pjdr2_4676(PF03422) (PF00754)ER
324057.Pjdr2_1761(PF02743) (PF00672)ER
324057.Pjdr2_5243(PF04616) (PF00754)ER
324057.Pjdr2_0981(PF02368) PF00395ER
324057.Pjdr2_6207(PF02743) (PF00672)ER
324057.Pjdr2_5587(PF02894) (PF01408)mitochondrial; (mitochondrial)
324057.Pjdr2_1931(PF00933) (PF14310) (PF03422) (PF01915)
324057.Pjdr2_4088(PF12708) (PF00754)ER
324057.Pjdr2_2072(PF02743) (PF12833)ER; (ER)
324057.Pjdr2_3706(PF02743) (PF00672)mitochondrial; (ER)
324057.Pjdr2_4949(PF02894) (PF01408)mitochondrial
324057.Pjdr2_0886(PF02368) PF00395(mitochondrial)
324057.Pjdr2_1800(PF02743) (PF12833)ER
324057.Pjdr2_5959(PF02743) (PF00672)ER
324057.Pjdr2_2979(PF02743) (PF00672)ER
324057.Pjdr2_2064(PF02743) (PF00672)(mitochondrial)
324057.Pjdr2_1522(PF12733) PF00395ER
324057.Pjdr2_1156(PF02743) (PF00672)mitochondrial; (mitochondrial)
324057.Pjdr2_1158(PF02743) (PF00672)ER
324057.Pjdr2_4061(PF04616) (PF03422)ER
324057.Pjdr2_5534(PF12733) PF00395(mitochondrial)
324057.Pjdr2_0964(PF12708) PF00395ER
324057.Pjdr2_4068(PF04616) (PF03422)ER
324057.Pjdr2_1117(PF02894) (PF01408)mitochondrial
324057.Pjdr2_5853(PF02743) (PF12833)mitochondrial
324057.Pjdr2_5621(PF02743) (PF00672)mitochondrial
324057.Pjdr2_0665(PF02743) (PF00672)mitochondrial
324057.Pjdr2_2510(PF02743) (PF00672)mitochondrial
324057.Pjdr2_4602(PF02368) PF00395mitochondrial; (mitochondrial)
324057.Pjdr2_0476(PF02055) (PF17189)ER
324057.Pjdr2_1485(PF02743) (PF12833)ER
324057.Pjdr2_3565(PF12733) PF00395ER
324057.Pjdr2_4333(PF02743) (PF00672)ER
324057.Pjdr2_0201(PF00528)ER
324057.Pjdr2_0200PF01547ER
324057.Pjdr2_0202(PF00528)ER
324057.Pjdr2_5213(PF00528)(mitochondrial)
324057.Pjdr2_5215PF01547ER; (ER)
324057.Pjdr2_5214(PF00528)ER
324057.Pjdr2_0974(PF00672)ER
324057.Pjdr2_4107(PF00528)(mitochondrial); mitochondrial
324057.Pjdr2_4105(PF04616)ER
324057.Pjdr2_4108PF01547ER
324057.Pjdr2_1260(PF00528)ER
324057.Pjdr2_3685(PF00528)ER
324057.Pjdr2_3688(PF00672)mitochondrial
324057.Pjdr2_2551(PF00528)ER
324057.Pjdr2_2559(PF00672)ER
324057.Pjdr2_1855PF01547ER
324057.Pjdr2_1853(PF00672)ER
324057.Pjdr2_1851PF00395ER
324057.Pjdr2_4646(PF00672)(mitochondrial)
324057.Pjdr2_4642PF01547ER
324057.Pjdr2_4319PF00395ER
324057.Pjdr2_4649(PF01074) (PF07748) (PF09261)
324057.Pjdr2_0818PF00395mitochondrial; (mitochondrial)
324057.Pjdr2_3546(PF02727) (PF02728) (PF01179)
324057.Pjdr2_5238(PF00528)ER
324057.Pjdr2_5237PF01547ER
324057.Pjdr2_5231(PF00528)(ER)
324057.Pjdr2_5230(PF00528)ER
324057.Pjdr2_0899(PF09587)ER
324057.Pjdr2_1446PF01547(ER)
324057.Pjdr2_4127PF01547ER
324057.Pjdr2_4121(PF00754)ER
324057.Pjdr2_0893PF01547ER
324057.Pjdr2_4781(PF00672)ER
324057.Pjdr2_0317(PF00933) (PF14310) (PF01915)
324057.Pjdr2_0314PF00395ER
324057.Pjdr2_0313(PF16656)(ER)
324057.Pjdr2_6254(PF00672)ER
324057.Pjdr2_3153(PF00528)ER
324057.Pjdr2_3158(PF00933)ER
324057.Pjdr2_3159(PF12833)ER
324057.Pjdr2_4505(PF01497)ER
324057.Pjdr2_3011(PF00672)ER
324057.Pjdr2_0192(PF00528)ER
324057.Pjdr2_2847PF01547ER
324057.Pjdr2_2848(PF00528)ER
324057.Pjdr2_5257(PF12833)ER
324057.Pjdr2_5259(PF00528)ER
324057.Pjdr2_5258PF01547ER
324057.Pjdr2_4041PF01547ER
324057.Pjdr2_5896PF00395ER
324057.Pjdr2_6238(PF13416)ER
324057.Pjdr2_2043(PF00672)mitochondrial
324057.Pjdr2_2042(PF09359)(mitochondrial)
324057.Pjdr2_3355(PF01497)(ER)
324057.Pjdr2_0685(PF00528)ER
324057.Pjdr2_0684(PF00528)ER
324057.Pjdr2_0680PF00395ER
324057.Pjdr2_5066(PF12833)ER
324057.Pjdr2_5063(PF00528)ER
324057.Pjdr2_4194(PF00528)ER
324057.Pjdr2_4190(PF00754)ER
324057.Pjdr2_1769(PF00754)ER
324057.Pjdr2_1768PF01547ER
324057.Pjdr2_5096(PF00528)ER
324057.Pjdr2_1813(PF00528)ER
324057.Pjdr2_1810(PF00528)mitochondrial
324057.Pjdr2_3579(PF00703) (PF02836) (PF02837)
324057.Pjdr2_2864PF00395ER
324057.Pjdr2_3508(PF00528)ER
324057.Pjdr2_4227(PF13416)mitochondrial; (mitochondrial)
324057.Pjdr2_4226(PF00528)ER
324057.Pjdr2_4225(PF00528)ER
324057.Pjdr2_5273(PF00528)ER
324057.Pjdr2_5271(PF13416)(ER)
324057.Pjdr2_5275PF01547ER
324057.Pjdr2_5274(PF00528)ER
324057.Pjdr2_0741(PF02894) (PF01408)(mitochondrial)
324057.Pjdr2_0742(PF00672)ER; mitochondrial
324057.Pjdr2_0744(PF00528)ER
324057.Pjdr2_0746(PF13416)ER
324057.Pjdr2_3195PF00395ER
324057.Pjdr2_2550(PF00528)ER
324057.Pjdr2_2069(PF00528)ER; (ER)
324057.Pjdr2_2068PF01547ER
324057.Pjdr2_2063(PF00528)ER
324057.Pjdr2_2061(PF13416)ER
324057.Pjdr2_5596(PF00528)mitochondrial; (mitochondrial)
324057.Pjdr2_5597(PF00528)ER
324057.Pjdr2_0519PF01547ER
324057.Pjdr2_5041PF01547ER
324057.Pjdr2_5049(PF12833)(ER)
324057.Pjdr2_1743(PF00672)ER
324057.Pjdr2_0728(PF13416)ER
324057.Pjdr2_0729(PF00528)ER
324057.Pjdr2_4720PF00395ER
324057.Pjdr2_4542(PF00672)ER
324057.Pjdr2_4891(PF02894) (PF01408)(mitochondrial)
324057.Pjdr2_2005(PF00528)ER; (ER)
324057.Pjdr2_2004PF01547ER
324057.Pjdr2_2002(PF00672)(ER); ER
324057.Pjdr2_3848PF00395ER
324057.Pjdr2_1724(PF04616)ER
324057.Pjdr2_1727PF01547ER
324057.Pjdr2_1726(PF12833)ER
324057.Pjdr2_1729(PF00528)(ER)
324057.Pjdr2_1728(PF00528)mitochondrial
324057.Pjdr2_0891(PF00528)ER
324057.Pjdr2_0892(PF00528)ER
324057.Pjdr2_3273(PF13416)ER
324057.Pjdr2_3272(PF00528)(ER)
324057.Pjdr2_3733(PF00528)ER
324057.Pjdr2_5944(PF00672)ER
324057.Pjdr2_2639(PF00672)ER
324057.Pjdr2_0285(PF00528)mitochondrial
324057.Pjdr2_0284PF01547ER
324057.Pjdr2_2022(PF00672)ER; (ER)
324057.Pjdr2_2021(PF00528)(ER)
324057.Pjdr2_2020(PF00528)ER
324057.Pjdr2_3732PF01547(ER); ER
324057.Pjdr2_3734(PF00528)(mitochondrial)
324057.Pjdr2_5776PF00395ER
324057.Pjdr2_5080PF01547(ER)
324057.Pjdr2_5081(PF00672)ER
324057.Pjdr2_3250(PF01625)(ER)
324057.Pjdr2_5962PF01547ER
324057.Pjdr2_5961(PF00528)ER
324057.Pjdr2_6185(PF00528)ER
324057.Pjdr2_5570(PF00528)ER
324057.Pjdr2_5575(PF00672)ER
324057.Pjdr2_5576(PF01074) (PF07748) (PF09261)
324057.Pjdr2_5579(PF00528)(ER); (mitochondrial)
324057.Pjdr2_1664(PF13416)ER
324057.Pjdr2_1666(PF00528)(mitochondrial)
324057.Pjdr2_1661(PF12833)ER
324057.Pjdr2_1663PF00395ER
324057.Pjdr2_1668(PF00672)ER; (ER)
324057.Pjdr2_1669(PF00528)mitochondrial; (mitochondrial)
324057.Pjdr2_6109(PF00528)ER
324057.Pjdr2_1448(PF00528)ER; (ER)
324057.Pjdr2_4126(PF04892)ER
324057.Pjdr2_2368(PF00672)ER
324057.Pjdr2_4154(PF00528)mitochondrial
324057.Pjdr2_2797(PF00528)(ER)
324057.Pjdr2_1682(PF00703) (PF02836) (PF02837)
324057.Pjdr2_1681(PF00528)ER
324057.Pjdr2_1686(PF00528)ER
324057.Pjdr2_1687PF01547ER
324057.Pjdr2_1684(PF12833)ER
324057.Pjdr2_1685(PF00528)(mitochondrial)
324057.Pjdr2_3032(PF00672)ER; (ER)
324057.Pjdr2_2881(PF00528)ER
324057.Pjdr2_1142PF00395ER
324057.Pjdr2_0956(PF13416)ER
324057.Pjdr2_0950(PF00528)(ER)
324057.Pjdr2_0953PF01547ER
324057.Pjdr2_0958(PF00528)ER
324057.Pjdr2_1333(PF00672)ER
324057.Pjdr2_5531(PF00672)ER
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324057.Pjdr2_5529(PF13416)ER
324057.Pjdr2_5832(PF00528)ER
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324057.Pjdr2_5141(PF12833)
324057.Pjdr2_1910(PF12833)
324057.Pjdr2_1911(PF05721)
324057.Pjdr2_5443(PF12833)
324057.Pjdr2_5449(PF11175)
324057.Pjdr2_1137(PF12833)
324057.Pjdr2_2535(PF12833)
324057.Pjdr2_5097(PF05592)
324057.Pjdr2_5620(PF12833)
324057.Pjdr2_5622(PF12833)
324057.Pjdr2_0666(PF12833)
324057.Pjdr2_4092(PF12833)
324057.Pjdr2_6154(PF01120)
324057.Pjdr2_3640(PF12833)
324057.Pjdr2_5393(PF09587)
324057.Pjdr2_0275(PF13564)
324057.Pjdr2_0854(PF01625)
324057.Pjdr2_4143(PF04616)
324057.Pjdr2_0479(PF12833)
324057.Pjdr2_3576(PF12833)
324057.Pjdr2_4292(PF01120)
324057.Pjdr2_4293(PF12833)
324057.Pjdr2_2574(PF12833)
324057.Pjdr2_2571(PF01408)
324057.Pjdr2_1483(PF00528)
324057.Pjdr2_2996(PF12833)
324057.Pjdr2_3563(PF12833)
324057.Pjdr2_4334(PF12833)
324057.Pjdr2_0837(PF12833)
324057.Pjdr2_3560(PF14526)
324057.Pjdr2_3562(PF16499)
324057.Pjdr2_6085(PF12867)
324057.Pjdr2_3566(PF12833)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: NO (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: N.D.
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: N.D.

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================