Effective results for Geobacter uraniireducens Rf4 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 427
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 61 eukaryotic-like domains, contained in 427 proteins (3 high, 424 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type VI)

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
351605.Gura_1112(PF13540) (PF05345)ER
351605.Gura_0886(PF01058) (PF12838)(mitochondrial)
351605.Gura_3039(PF02754) (PF13237)(ER)
351605.Gura_3569(PF13353) (PF04055)(mitochondrial)
351605.Gura_4119(PF16199) (PF04055)mitochondrial; (mitochondrial)
351605.Gura_0124(PF02310) (PF04055)(mitochondrial)
351605.Gura_2425(PF13353) (PF04055)(mitochondrial)
351605.Gura_1152(PF00158) (PF02954)(mitochondrial)
351605.Gura_3593(PF02310) (PF04055)(mitochondrial)
351605.Gura_1298(PF02310) (PF04055)(mitochondrial)
351605.Gura_1962(PF13353) (PF04055)(mitochondrial)
351605.Gura_0505(PF13353) (PF04055)(mitochondrial); mitochondrial
351605.Gura_0504(PF02310) (PF04055)(mitochondrial)
351605.Gura_0506(PF13353) (PF04055)mitochondrial
351605.Gura_2484(PF12849)ER
351605.Gura_0201(PF13174)ER
351605.Gura_2558(PF12849)ER
351605.Gura_1756(PF01966)ER
351605.Gura_3842(PF05140)ER
351605.Gura_0575(PF05048)ER
351605.Gura_0794(PF13353) (PF04055)(mitochondrial)
351605.Gura_3544(PF12849)ER
351605.Gura_1161PF10342ER
351605.Gura_1562(PF02754)(mitochondrial)
351605.Gura_3838(PF01436)ER
351605.Gura_2803(PF01966)ER
351605.Gura_3316(PF05345)ER
351605.Gura_2159(PF13174)mitochondrial; (mitochondrial)
351605.Gura_0522(PF05140)ER
351605.Gura_2207(PF01880)(mitochondrial)
351605.Gura_1775(PF04187)ER
351605.Gura_1793(PF01966)ER
351605.Gura_1792(PF13540)ER
351605.Gura_1791(PF13600)ER
351605.Gura_2367(PF13174)ER
351605.Gura_3561(PF01966)ER
351605.Gura_0307(PF05345)ER
351605.Gura_3961(PF04055)(mitochondrial)
351605.Gura_0052(PF12849)ER
351605.Gura_0051(PF13426)ER
351605.Gura_0056(PF05990)ER
351605.Gura_0373(PF13540)ER
351605.Gura_3024(PF13426)ER
351605.Gura_3022(PF05990)(mitochondrial)
351605.Gura_1550(PF13426)ER
351605.Gura_0118(PF00158) (PF13426) (PF02954)
351605.Gura_2767(PF05048)ER
351605.Gura_4005(PF13426)(ER)
351605.Gura_0218(PF13426)ER
351605.Gura_1859(PF13353) (PF04055)(plastid)
351605.Gura_0923(PF01436)ER
351605.Gura_2758(PF01436)(mitochondrial)
351605.Gura_2755(PF01436)ER
351605.Gura_4348(PF00549)(mitochondrial)
351605.Gura_0265(PF13426)ER
351605.Gura_3615(PF04055)mitochondrial
351605.Gura_2254(PF02010)ER
351605.Gura_2414(PF02754)ER
351605.Gura_1509(PF12849)ER
351605.Gura_1507(PF12849)ER
351605.Gura_0475(PF12849)ER
351605.Gura_3608(PF02310) (PF04055)(plastid)
351605.Gura_3422(PF13600)ER
351605.Gura_2649(PF12838)mitochondrial
351605.Gura_2391(PF05048)(ER)
351605.Gura_4383(PF05140)ER
351605.Gura_1286(PF13426)mitochondrial
351605.Gura_1518(PF12849)ER
351605.Gura_0802(PF12838)mitochondrial
351605.Gura_0366(PF13174)ER
351605.Gura_1816(PF05345)ER
351605.Gura_2048(PF13431)ER
351605.Gura_1065(PF03144)mitochondrial; (mitochondrial)
351605.Gura_2700(PF13174)ER
351605.Gura_2875(PF00665)(mitochondrial)
351605.Gura_2679(PF13426)ER
351605.Gura_1729(PF13426)ER
351605.Gura_3462(PF04055)mitochondrial
351605.Gura_1006(PF01966)ER
351605.Gura_0513(PF02310)ER
351605.Gura_2583(PF13174)ER
351605.Gura_2107(PF13436)ER
351605.Gura_1100(PF01966)ER
351605.Gura_1213(PF02754)ER
351605.Gura_0509(PF13353) (PF04055)(mitochondrial)
351605.Gura_3538(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_3335(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_1024(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_1023(PF04187)mitochondrial
351605.Gura_4090(PF02310) (PF04055)
351605.Gura_3998(PF00549) (PF08442)
351605.Gura_0085(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_0155(PF00549) (PF08442)
351605.Gura_2631(PF03083)(mitochondrial)
351605.Gura_2549(PF13353) (PF04055)
351605.Gura_2018(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_1302(PF04055)(mitochondrial)
351605.Gura_3559(PF13353) (PF04055)
351605.Gura_3557(PF01012)(ER)
351605.Gura_3554(PF01012)(mitochondrial)
351605.Gura_3318(PF13565) (PF00665)
351605.Gura_2375(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_2204(PF13565) (PF00665)
351605.Gura_4418(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_0318(PF13565) (PF00665)
351605.Gura_1313(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_1959(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_0132(PF01966)(plastid)
351605.Gura_2812(PF00025)(mitochondrial)
351605.Gura_4335(PF02310) (PF04055)
351605.Gura_2963(PF02310) (PF04055)
351605.Gura_0376(PF02310) (PF04055)
351605.Gura_0372(PF01909)(mitochondrial)
351605.Gura_3027(PF13565) (PF00665)
351605.Gura_3151(PF16199) (PF04055)
351605.Gura_3375(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_3486(PF00549) (PF08442)
351605.Gura_2171(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_3571(PF13353) (PF04055)
351605.Gura_3572(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_1428(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_0687(PF13426)(ER)
351605.Gura_3740(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_2697(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_4176(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_0925(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_3751(PF13353) (PF12345)
351605.Gura_2751(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_4345(PF13565) (PF00665)
351605.Gura_4349(PF00549) (PF08442)
351605.Gura_1840(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_0916(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_3611(PF02310) (PF04055)
351605.Gura_3614(PF02310) (PF04055)
351605.Gura_2419(PF13353) (PF04055)
351605.Gura_2415(PF01012) (PF13237)
351605.Gura_3924(PF02661)(ER)
351605.Gura_3928(PF13565) (PF00665)
351605.Gura_0495(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_0014(PF13353) (PF04055)
351605.Gura_2086(PF01909)(mitochondrial)
351605.Gura_2062(PF13426)(mitochondrial)
351605.Gura_4367(PF13565) (PF00665)
351605.Gura_4363(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_1600(PF02754) (PF13237)
351605.Gura_1603(PF01012) (PF02754)
351605.Gura_3389(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_3415(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_2651(PF01058)(mitochondrial)
351605.Gura_2387(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_3391(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_3625(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_1802(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_1240(PF12256)(ER)
351605.Gura_2914(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_2671(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_2678(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_4192(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_1238(PF13565) (PF00665)
351605.Gura_3089(PF02310) (PF04055)
351605.Gura_2840(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_2023(PF13426)(mitochondrial)
351605.Gura_2116(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_0516(PF02310) (PF04055)
351605.Gura_2324(PF00158) (PF02954)
351605.Gura_1961(PF13353) (PF04055)
351605.Gura_1369(PF02310) (PF04055)
351605.Gura_3661(PF16199) (PF04055)
351605.Gura_3203(PF01909)
351605.Gura_0208(PF04055)
351605.Gura_3533(PF13426)
351605.Gura_2550(PF05345)
351605.Gura_4251(PF00078)
351605.Gura_3999(PF00549)
351605.Gura_1200(PF01909)
351605.Gura_1203(PF12838)
351605.Gura_1209(PF04055)
351605.Gura_0156(PF00549)
351605.Gura_0409(PF01909)
351605.Gura_0152(PF02754)
351605.Gura_0150(PF02754)
351605.Gura_3056(PF04765)
351605.Gura_2498(PF01966)
351605.Gura_3302(PF04383)
351605.Gura_2014(PF13426)
351605.Gura_2541(PF01966)
351605.Gura_1164(PF02915)
351605.Gura_4134(PF01610)
351605.Gura_4139(PF00078)
351605.Gura_1569(PF12838)
351605.Gura_1566(PF12345)
351605.Gura_1767(PF04055)
351605.Gura_1781(PF01966)
351605.Gura_1788(PF00665)
351605.Gura_3824(PF00665)
351605.Gura_3941(PF12838)
351605.Gura_0561(PF01610)
351605.Gura_2156(PF00078)
351605.Gura_2376(PF00078)
351605.Gura_2373(PF13426)
351605.Gura_2570(PF01966)
351605.Gura_1499(PF01715)
351605.Gura_0559(PF00665)
351605.Gura_4300(PF04326)
351605.Gura_4415(PF02915)
351605.Gura_4412(PF03144)
351605.Gura_0556(PF04383)
351605.Gura_4238(PF12838)
351605.Gura_0319(PF01610)
351605.Gura_1771(PF01715)
351605.Gura_0426(PF02661)
351605.Gura_0136(PF01739)
351605.Gura_2815(PF03144)
351605.Gura_0420(PF01991)
351605.Gura_3037(PF01012)
351605.Gura_3038(PF01012)
351605.Gura_3491PF16575
351605.Gura_2149(PF04055)
351605.Gura_1498(PF00078)
351605.Gura_3565(PF13426)
351605.Gura_2567(PF02223)
351605.Gura_2566(PF02223)
351605.Gura_4332(PF00025)
351605.Gura_4421(PF01739)
351605.Gura_4115(PF01610)
351605.Gura_4113(PF04326)
351605.Gura_0300(PF04055)
351605.Gura_1549(PF13426)
351605.Gura_1541(PF00665)
351605.Gura_3962(PF06250)
351605.Gura_0545(PF01058)
351605.Gura_0237(PF05168)
351605.Gura_0236(PF01909)
351605.Gura_0941(PF02915)
351605.Gura_0948(PF02954)
351605.Gura_0430(PF02915)
351605.Gura_0058(PF00665)
351605.Gura_3028(PF00665)
351605.Gura_0423(PF13426)
351605.Gura_3153(PF02223)
351605.Gura_2689(PF01739)
351605.Gura_3377(PF13426)
351605.Gura_2776(PF12838)
351605.Gura_3483(PF12838)
351605.Gura_3482(PF02310)
351605.Gura_3485(PF00549)
351605.Gura_2172(PF13426)
351605.Gura_2198(PF02754)
351605.Gura_2510(PF04055)
351605.Gura_2513(PF01880)
351605.Gura_1158(PF12256)
351605.Gura_0333(PF01058)
351605.Gura_1333(PF00078)
351605.Gura_0597(PF02661)
351605.Gura_0846(PF00078)
351605.Gura_0065(PF00665)
351605.Gura_0069(PF12762)
351605.Gura_3019(PF05990)
351605.Gura_2691(PF01739)
351605.Gura_2166(PF01739)
351605.Gura_3588(PF04055)
351605.Gura_2509(PF12762)
351605.Gura_3582(PF02754)
351605.Gura_3583(PF12838)
351605.Gura_2503(PF03144)
351605.Gura_2435(PF13237)
351605.Gura_3563(PF01966)
351605.Gura_0323(PF12838)
351605.Gura_4008(PF03144)
351605.Gura_2984(PF01739)
351605.Gura_0586(PF05168)
351605.Gura_0107(PF01610)
351605.Gura_3173(PF01909)
351605.Gura_3178(PF12762)
351605.Gura_3598(PF02661)
351605.Gura_3597(PF06250)
351605.Gura_2535(PF00665)
351605.Gura_2240(PF12838)
351605.Gura_2242(PF04055)
351605.Gura_4168(PF01739)
351605.Gura_4165(PF01909)
351605.Gura_0697(PF01610)
351605.Gura_1538(PF01610)
351605.Gura_1199(PF05168)
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351605.Gura_3139(PF01739)
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351605.Gura_0826(PF01966)
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351605.Gura_1943(PF01058)
351605.Gura_1941(PF01966)
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351605.Gura_2708(PF00158)
351605.Gura_3477(PF00158)
351605.Gura_2051(PF00078)
351605.Gura_2054(PF05673)
351605.Gura_2454(PF01739)
351605.Gura_1017(PF04055)
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351605.Gura_4193(PF00343)
351605.Gura_4284(PF04055)
351605.Gura_4285(PF04055)
351605.Gura_4267(PF01966)
351605.Gura_1123(PF01058)
351605.Gura_1726(PF05168)
351605.Gura_1725(PF01909)
351605.Gura_1232(PF00665)
351605.Gura_1342(PF02310)
351605.Gura_0551(PF00158)
351605.Gura_2903(PF13426)
351605.Gura_1211(PF01012)
351605.Gura_3647(PF00158)
351605.Gura_0344(PF13426)
351605.Gura_2842(PF02933)
351605.Gura_2026(PF02310)
351605.Gura_2118(PF13426)
351605.Gura_2111(PF13426)
351605.Gura_1003(PF04055)
351605.Gura_3888(PF00078)
351605.Gura_4270(PF01966)
351605.Gura_1133(PF01909)
351605.Gura_1644(PF05673)
351605.Gura_1223(PF00078)
351605.Gura_0354(PF01909)
351605.Gura_0999(PF02754)
351605.Gura_0179(PF02915)
351605.Gura_2853(PF13426)
351605.Gura_2854(PF04055)
351605.Gura_2856(PF12038)
351605.Gura_3181(PF01610)
351605.Gura_2586(PF04055)
351605.Gura_3217(PF00665)
351605.Gura_2612(PF01610)
351605.Gura_2031(PF03083)
351605.Gura_2326(PF01610)
351605.Gura_1032(PF03144)
351605.Gura_4243(PF01058)
351605.Gura_1109(PF12762)
351605.Gura_1105(PF00665)
351605.Gura_0183(PF00078)
351605.Gura_1583(PF05673)
351605.Gura_1581(PF04055)
351605.Gura_1212(PF01012)
351605.Gura_3854(PF00343)
351605.Gura_1747(PF04383)
351605.Gura_0619(PF13426)
351605.Gura_1748(PF01909)
351605.Gura_1966(PF05706)
351605.Gura_0164(PF03144)
351605.Gura_2929(PF01966)
351605.Gura_2922(PF04326)
351605.Gura_2924(PF00078)
351605.Gura_3069(PF02661)
351605.Gura_3067(PF02661)
351605.Gura_3662(PF04326)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: NO (FDR = 12.5 %)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 0.25 (2/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================