Effective results for Providencia rettgeri DSM 1131 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 933
- Predicted by EffectiveT3: 242 (high confidence), 317 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 47 within, 41 before, 64 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 161
- Predicted by EffectiveELD: 18 eukaryotic-like domains, contained in 151 proteins (68 high, 83 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type III, (Type IV), Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
521000.PROVRETT_06415+(<)(PF10462)(plastid)
521000.PROVRETT_06891+PF00577ER
521000.PROVRETT_07145+PF00345(ER)
521000.PROVRETT_07340+PF00577(mitochondrial)
521000.PROVRETT_08621++ER
521000.PROVRETT_05812(PF03222)(ER)
521000.PROVRETT_09000(>)(mitochondrial)
521000.PROVRETT_06606+ER
521000.PROVRETT_07082(PF08238)ER
521000.PROVRETT_09491(PF08238)(ER)
521000.PROVRETT_08342(>)ER
521000.PROVRETT_06256(>)(ER)
521000.PROVRETT_07756+ER
521000.PROVRETT_07091PF00345ER
521000.PROVRETT_07092PF00345ER
521000.PROVRETT_07094+ER
521000.PROVRETT_07095PF00345(ER)
521000.PROVRETT_08856(>)ER
521000.PROVRETT_08175+(ER); ER
521000.PROVRETT_05560+(mitochondrial)
521000.PROVRETT_09027+ER
521000.PROVRETT_07385+(ER)
521000.PROVRETT_08375+(mitochondrial)
521000.PROVRETT_06319(>)(mitochondrial)
521000.PROVRETT_08758+ER
521000.PROVRETT_09706(>)ER
521000.PROVRETT_09037(>)ER
521000.PROVRETT_09030+ER
521000.PROVRETT_09856(>)ER
521000.PROVRETT_06473+(mitochondrial)
521000.PROVRETT_07293(<)ER
521000.PROVRETT_06856(<)(ER)
521000.PROVRETT_08482+ER
521000.PROVRETT_06888PF00345ER
521000.PROVRETT_09510+ER; (ER)
521000.PROVRETT_09996(+)+ER
521000.PROVRETT_09863(>)ER
521000.PROVRETT_07841(PF08238)ER
521000.PROVRETT_07846(PF01381)mitochondrial
521000.PROVRETT_08728+(mitochondrial)
521000.PROVRETT_07602+(ER)
521000.PROVRETT_06516+ER
521000.PROVRETT_06892PF00345ER
521000.PROVRETT_07339+ER; (ER)
521000.PROVRETT_05888(>)(ER); ER
521000.PROVRETT_08887+ER
521000.PROVRETT_05459(<)ER
521000.PROVRETT_09619(PF01381)mitochondrial; (mitochondrial)
521000.PROVRETT_08836(PF08238)ER
521000.PROVRETT_08835+(ER)
521000.PROVRETT_05408+ER
521000.PROVRETT_06072+ER
521000.PROVRETT_10142(+)PF00577(mitochondrial)
521000.PROVRETT_09876+(ER)
521000.PROVRETT_06696+(mitochondrial)
521000.PROVRETT_07584(>)(ER)
521000.PROVRETT_07326PF00577(ER)
521000.PROVRETT_07325PF00345ER
521000.PROVRETT_08136+(mitochondrial); (plastid)
521000.PROVRETT_09660(PF07678)(mitochondrial)
521000.PROVRETT_07775+ER
521000.PROVRETT_05563(>)ER
521000.PROVRETT_09085PF00577(ER)
521000.PROVRETT_05536+ER
521000.PROVRETT_06196(PF08238)ER
521000.PROVRETT_06666(PF08238)ER
521000.PROVRETT_07825PF00345ER
521000.PROVRETT_07827PF00577ER
521000.PROVRETT_07828PF00345ER
521000.PROVRETT_07139PF00577ER
521000.PROVRETT_07138PF00345ER
521000.PROVRETT_09545+ER
521000.PROVRETT_05428+ER; (ER)
521000.PROVRETT_09306(PF08238)ER
521000.PROVRETT_07831PF00345(mitochondrial)
521000.PROVRETT_06543+ER
521000.PROVRETT_07120(PF13415)ER
521000.PROVRETT_08293(<)ER
521000.PROVRETT_08296+ER
521000.PROVRETT_05944PF00345ER
521000.PROVRETT_05945PF00577ER
521000.PROVRETT_06706+ER
521000.PROVRETT_09243+(mitochondrial)
521000.PROVRETT_06252(<)ER
521000.PROVRETT_05562+ER
521000.PROVRETT_06556(>)ER
521000.PROVRETT_09268+ER
521000.PROVRETT_07152(>)ER
521000.PROVRETT_07974+ER
521000.PROVRETT_08787+ER
521000.PROVRETT_09084PF00345ER; (ER)
521000.PROVRETT_05680+(mitochondrial)
521000.PROVRETT_09789+(mitochondrial)
521000.PROVRETT_08307(<)ER
521000.PROVRETT_08306(<)ER
521000.PROVRETT_07978+(ER)
521000.PROVRETT_07813(>)ER
521000.PROVRETT_07786(<)ER; (ER)
521000.PROVRETT_05891+(mitochondrial)
521000.PROVRETT_07141(PF01381)mitochondrial
521000.PROVRETT_07144PF00577ER
521000.PROVRETT_07962(<)ER
521000.PROVRETT_07965(>)ER
521000.PROVRETT_08256+ER
521000.PROVRETT_07444(>)(ER)
521000.PROVRETT_06664+(>)+
521000.PROVRETT_08269(PF08238)ER
521000.PROVRETT_05694+ER
521000.PROVRETT_08645(PF01381)mitochondrial
521000.PROVRETT_09224(>)ER
521000.PROVRETT_08083(<)ER; (ER)
521000.PROVRETT_06054+(mitochondrial)
521000.PROVRETT_05581(>)ER
521000.PROVRETT_08636PF00345ER
521000.PROVRETT_09687PF00345ER; (ER)
521000.PROVRETT_09685PF00577ER
521000.PROVRETT_09684PF00345ER
521000.PROVRETT_06152+ER
521000.PROVRETT_06338+ER
521000.PROVRETT_09507(>)ER
521000.PROVRETT_06484+mitochondrial; (mitochondrial)
521000.PROVRETT_07992+ER
521000.PROVRETT_05916(PF08238)ER; (ER)
521000.PROVRETT_05667+ER
521000.PROVRETT_08638PF00577ER
521000.PROVRETT_08328+ER
521000.PROVRETT_09238+ER
521000.PROVRETT_05868PF00345ER
521000.PROVRETT_05866+ER
521000.PROVRETT_09694(+)+mitochondrial; (mitochondrial)
521000.PROVRETT_05855+(ER)
521000.PROVRETT_07187(PF01381)mitochondrial
521000.PROVRETT_07184PF00345ER
521000.PROVRETT_07185PF00577(ER)
521000.PROVRETT_07886+ER
521000.PROVRETT_08302+ER
521000.PROVRETT_05549+ER
521000.PROVRETT_08628PF00577ER
521000.PROVRETT_08626+ER
521000.PROVRETT_05835PF00345ER
521000.PROVRETT_05668+(mitochondrial)
521000.PROVRETT_09972(PF01381)(mitochondrial)
521000.PROVRETT_07750PF00577ER
521000.PROVRETT_06751+(mitochondrial)
521000.PROVRETT_10080PF00345ER
521000.PROVRETT_05611(>)ER
521000.PROVRETT_08297(+)PF00577ER
521000.PROVRETT_08298PF00345ER
521000.PROVRETT_05805(<)mitochondrial
521000.PROVRETT_08762PF00577mitochondrial
521000.PROVRETT_08761PF00345ER
521000.PROVRETT_07433(>)(ER)
521000.PROVRETT_05737+(mitochondrial)
521000.PROVRETT_06613(<)ER
521000.PROVRETT_10097PF00345ER; plastid
521000.PROVRETT_07749PF00345ER
521000.PROVRETT_07946(>)ER
521000.PROVRETT_07253PF00345(ER)
521000.PROVRETT_08515(<)ER
521000.PROVRETT_05382+ER
521000.PROVRETT_08193+ER
521000.PROVRETT_08196PF00577ER
521000.PROVRETT_08197PF00345ER
521000.PROVRETT_07089+(plastid)
521000.PROVRETT_08561+(>)
521000.PROVRETT_07758+(mitochondrial)
521000.PROVRETT_09541+(plastid)
521000.PROVRETT_09010+(ER)
521000.PROVRETT_06419++
521000.PROVRETT_10135+PF00577not used
521000.PROVRETT_07090(>)PF00577
521000.PROVRETT_08170+(>)
521000.PROVRETT_08379(+)++
521000.PROVRETT_08952+(plastid)
521000.PROVRETT_08001+(ER)
521000.PROVRETT_09848+(mitochondrial)
521000.PROVRETT_06248+(mitochondrial)
521000.PROVRETT_06397+(PF03222)
521000.PROVRETT_07918(+)mitochondrial
521000.PROVRETT_06096+plastid
521000.PROVRETT_09474+(ER)
521000.PROVRETT_06873++
521000.PROVRETT_10059+(mitochondrial)
521000.PROVRETT_10127+PF00577
521000.PROVRETT_08156++
521000.PROVRETT_09609(+)(mitochondrial)
521000.PROVRETT_08734+plastid
521000.PROVRETT_09196(+)ER
521000.PROVRETT_06320+(mitochondrial)
521000.PROVRETT_07603(+)ER
521000.PROVRETT_07930+(PF08357)
521000.PROVRETT_07330+(PF01381)
521000.PROVRETT_09728(+)(mitochondrial)
521000.PROVRETT_09729+(ER)
521000.PROVRETT_08906++not used
521000.PROVRETT_07793(+)(ER)
521000.PROVRETT_09457(<)PF00577not used
521000.PROVRETT_09458(>)PF00577not used
521000.PROVRETT_07928(+)ER
521000.PROVRETT_08223(+)ER
521000.PROVRETT_05365(+)ER
521000.PROVRETT_08915+(plastid)
521000.PROVRETT_06667(<)(ER)
521000.PROVRETT_07959(+)+(mitochondrial)
521000.PROVRETT_05654(+)(ER); plastid
521000.PROVRETT_06307+ER; not used
521000.PROVRETT_06548+(plastid)
521000.PROVRETT_07490+(PF00102)
521000.PROVRETT_05642+(plastid)
521000.PROVRETT_05304(PF03222)(ER)
521000.PROVRETT_05943+(PF01381)
521000.PROVRETT_09796+(PF01501)
521000.PROVRETT_08066(+)(mitochondrial)
521000.PROVRETT_05432+(<)
521000.PROVRETT_07796++
521000.PROVRETT_08919(>)(ER)
521000.PROVRETT_07156(+)ER
521000.PROVRETT_07376(PF08238)(ER)
521000.PROVRETT_07701(PF01381)(mitochondrial)
521000.PROVRETT_06813+(mitochondrial)
521000.PROVRETT_06968(+)(mitochondrial)
521000.PROVRETT_07382(+)ER
521000.PROVRETT_08719+plastid
521000.PROVRETT_07861(+)ER
521000.PROVRETT_08644(PF01381)(mitochondrial)
521000.PROVRETT_09221+(PF01381)
521000.PROVRETT_06026+PF10548
521000.PROVRETT_06371(+)(ER)
521000.PROVRETT_09289++
521000.PROVRETT_08527(PF01156)(ER)
521000.PROVRETT_08324(PF01381)(mitochondrial)
521000.PROVRETT_07521+(mitochondrial)
521000.PROVRETT_08846(<)(mitochondrial)
521000.PROVRETT_06936(+)(ER)
521000.PROVRETT_06901(+)mitochondrial; (mitochondrial)
521000.PROVRETT_07920(+)mitochondrial
521000.PROVRETT_07180+(mitochondrial); not used
521000.PROVRETT_10130+PF00577not used
521000.PROVRETT_07863(+)ER
521000.PROVRETT_08627+PF00345
521000.PROVRETT_05872(+)mitochondrial; (mitochondrial)
521000.PROVRETT_08891+ER; not used
521000.PROVRETT_05809+(plastid)
521000.PROVRETT_06131(+)(mitochondrial)
521000.PROVRETT_05730(>)(mitochondrial)
521000.PROVRETT_09565(>)(plastid)
521000.PROVRETT_06109++
521000.PROVRETT_06725++
521000.PROVRETT_10094+PF00345not used
521000.PROVRETT_07410+(ER)
521000.PROVRETT_05517+(plastid)
521000.PROVRETT_07254PF00577(ER)
521000.PROVRETT_08425(<)ER; not used
521000.PROVRETT_10007(<)+
521000.PROVRETT_08359+(mitochondrial)
521000.PROVRETT_09486(PF01381)
521000.PROVRETT_09489+
521000.PROVRETT_06241+not used
521000.PROVRETT_05818+
521000.PROVRETT_05652(PF01381)
521000.PROVRETT_05653+
521000.PROVRETT_09174+
521000.PROVRETT_05724+
521000.PROVRETT_07864+
521000.PROVRETT_06112+
521000.PROVRETT_06115+
521000.PROVRETT_06119+
521000.PROVRETT_06284+
521000.PROVRETT_06734+
521000.PROVRETT_06735+
521000.PROVRETT_07737+
521000.PROVRETT_08679+
521000.PROVRETT_08771(>)
521000.PROVRETT_08773(<)
521000.PROVRETT_07465+
521000.PROVRETT_07064+
521000.PROVRETT_10114+
521000.PROVRETT_08934+
521000.PROVRETT_05520(<)
521000.PROVRETT_08564+
521000.PROVRETT_08169(<)
521000.PROVRETT_08161+
521000.PROVRETT_08365+
521000.PROVRETT_09494(PF01381)
521000.PROVRETT_08700+
521000.PROVRETT_09163+
521000.PROVRETT_09169+
521000.PROVRETT_08943+not used
521000.PROVRETT_08946(PF00707)
521000.PROVRETT_08945(PF00707)
521000.PROVRETT_05759(+)(plastid)
521000.PROVRETT_05755PF00577not used
521000.PROVRETT_05757+
521000.PROVRETT_08016+
521000.PROVRETT_07367+
521000.PROVRETT_09943+
521000.PROVRETT_09944(PF06176)
521000.PROVRETT_08407(PF01381)
521000.PROVRETT_06257+
521000.PROVRETT_07659+
521000.PROVRETT_07722(>)
521000.PROVRETT_07728+
521000.PROVRETT_10072+
521000.PROVRETT_07473+
521000.PROVRETT_07271+
521000.PROVRETT_07274(<)
521000.PROVRETT_07276+
521000.PROVRETT_10106+
521000.PROVRETT_07380(>)not used
521000.PROVRETT_10108+not used
521000.PROVRETT_07952+
521000.PROVRETT_08579+
521000.PROVRETT_06837(+)(<)
521000.PROVRETT_09716+
521000.PROVRETT_08173(>)
521000.PROVRETT_05377+
521000.PROVRETT_05526+
521000.PROVRETT_05832(PF01381)
521000.PROVRETT_05522+
521000.PROVRETT_05523+
521000.PROVRETT_08713+
521000.PROVRETT_08716+
521000.PROVRETT_08715(PF01156)
521000.PROVRETT_09152+
521000.PROVRETT_05741(+)(>)
521000.PROVRETT_09023(>)
521000.PROVRETT_09026+
521000.PROVRETT_06130+
521000.PROVRETT_06135(+)(plastid)
521000.PROVRETT_06136(<)not used
521000.PROVRETT_09849(PF01156)
521000.PROVRETT_07639+
521000.PROVRETT_09841+
521000.PROVRETT_09840(PF01381)
521000.PROVRETT_06717+
521000.PROVRETT_10047+
521000.PROVRETT_06405+
521000.PROVRETT_07047+
521000.PROVRETT_07288(PF01381)
521000.PROVRETT_07287(PF01381)
521000.PROVRETT_07286+
521000.PROVRETT_08544+
521000.PROVRETT_09703+
521000.PROVRETT_09709+
521000.PROVRETT_08491(PF01381)
521000.PROVRETT_08493+
521000.PROVRETT_07395+
521000.PROVRETT_05518+
521000.PROVRETT_05601+
521000.PROVRETT_08723(PF07720)
521000.PROVRETT_09141(<)
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521000.PROVRETT_05996(+)(mitochondrial)
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Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 1.0 (10/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
    Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 1.25 (10/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================