Effective results for Legionella longbeachae NSW150 (eggnog40)
Summary
Number of putative secreted proteins: 292
- Predicted by T4SEpre: 295
- Predicted by EffectiveELD: 43 eukaryotic-like domains, contained in 83 proteins (22 high, 61 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type IV
Protein based results
Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)
| Protein | EffectiveT3 | EffectiveCCBD | T4SEpre | EffectiveELD | Predotar |
|---|---|---|---|---|---|
| 661367.LLO_3116 | + | (PF13516) | (ER) | ||
| 661367.LLO_3162 | + | (mitochondrial) | |||
| 661367.LLO_1687 | + | (ER); ER | |||
| 661367.LLO_2355 | PF02015 | ER; (ER) | |||
| 661367.LLO_1661 | + | (mitochondrial) | |||
| 661367.LLO_1468 | (PF00854) | (ER) | |||
| 661367.LLO_2819 | (PF00657) | ER | |||
| 661367.LLO_1860 | + | (mitochondrial) | |||
| 661367.LLO_1866 | + | ER | |||
| 661367.LLO_2580 | + | ER | |||
| 661367.LLO_1783 | + | ER | |||
| 661367.LLO_0197 | + | (ER) | |||
| 661367.LLO_1069 | + | ER | |||
| 661367.LLO_1247 | PF01150 | ER | |||
| 661367.LLO_1485 | + | ER | |||
| 661367.LLO_0044 | (PF00314) | ER | |||
| 661367.LLO_0042 | PF05577 | ER | |||
| 661367.LLO_1106 | + | ER | |||
| 661367.LLO_0671 | (PF02112) | ER | |||
| 661367.LLO_0676 | + | ER | |||
| 661367.LLO_0074 | (PF08123) | ER | |||
| 661367.LLO_2125 | + | ER | |||
| 661367.LLO_3082 | PF00153 | (ER) | |||
| 661367.LLO_2287 | + | ER | |||
| 661367.LLO_1716 | (PF00071) | mitochondrial | |||
| 661367.LLO_2315 | + | (mitochondrial) | |||
| 661367.LLO_0383 | + | ER; (ER) | |||
| 661367.LLO_1389 | + | (mitochondrial) | |||
| 661367.LLO_1018 | + | (mitochondrial) | |||
| 661367.LLO_0463 | + | ER | |||
| 661367.LLO_0733 | (PF14566) | ER | |||
| 661367.LLO_1280 | + | (mitochondrial) | |||
| 661367.LLO_1288 | + | ER | |||
| 661367.LLO_1739 | (PF07517) | mitochondrial | |||
| 661367.LLO_2396 | + | ER | |||
| 661367.LLO_2897 | (PF11074) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
| 661367.LLO_0254 | + | (ER) | |||
| 661367.LLO_0037 | + | (PF13637) (PF12796) | |||
| 661367.LLO_2257 | + | (ER) | |||
| 661367.LLO_2817 | + | ER | |||
| 661367.LLO_2407 | + | (mitochondrial) | |||
| 661367.LLO_2886 | + | ER | |||
| 661367.LLO_2242 | + | ER | |||
| 661367.LLO_1406 | + | ER | |||
| 661367.LLO_1565 | + | ER | |||
| 661367.LLO_2862 | (PF00854) | ER | |||
| 661367.LLO_1575 | + | ER; (ER) | |||
| 661367.LLO_1553 | (PF00854) | ER | |||
| 661367.LLO_1884 | + | (ER) | |||
| 661367.LLO_2853 | + | ER | |||
| 661367.LLO_0210 | (PF00657) | ER | |||
| 661367.LLO_1167 | + | ER | |||
| 661367.LLO_2329 | (PF00071) | (mitochondrial) | |||
| 661367.LLO_1236 | + | (mitochondrial) | |||
| 661367.LLO_0307 | + | mitochondrial | |||
| 661367.LLO_2336 | + | (ER) | |||
| 661367.LLO_1336 | PF04831 | ER | |||
| 661367.LLO_2159 | + | (ER) | |||
| 661367.LLO_1936 | + | ER | |||
| 661367.LLO_1320 | PF01222 | ER | |||
| 661367.LLO_2165 | (PF13516) | (ER) | |||
| 661367.LLO_0664 | + | (plastid) | |||
| 661367.LLO_1267 | + | (PF07517) | |||
| 661367.LLO_3353 | + | (PF12796) | |||
| 661367.LLO_0196 | + | (mitochondrial) | |||
| 661367.LLO_1651 | (PF13637) (PF12796) | ||||
| 661367.LLO_1494 | (PF01633) (PF00646) | ||||
| 661367.LLO_1397 | + | PF01369 | |||
| 661367.LLO_1395 | + | (PF12796) | |||
| 661367.LLO_3093 | (PF13637) (PF12796) | ||||
| 661367.LLO_1382 | + | (mitochondrial) | |||
| 661367.LLO_1385 | (PF01786) | (mitochondrial) | |||
| 661367.LLO_0991 | + | PF00620 | |||
| 661367.LLO_0264 | (PF00854) | (ER) | |||
| 661367.LLO_1604 | + | (PF07517) | |||
| 661367.LLO_3118 | + | (PF13516) | |||
| 661367.LLO_2075 | (PF00854) | (mitochondrial) | |||
| 661367.LLO_2668 | (PF13637) (PF00023) | ||||
| 661367.LLO_0584 | + | (PF12796) | |||
| 661367.LLO_3023 | + | (PF08975) | |||
| 661367.LLO_2267 | + | PF07065 | |||
| 661367.LLO_0680 | + | (mitochondrial) | |||
| 661367.LLO_2456 | + | (PF06414) | |||
| 661367.LLO_3032 | (PF09265) | (mitochondrial) | |||
| 661367.LLO_2200 | PF03133 | (mitochondrial) | |||
| 661367.LLO_1452 | + | ||||
| 661367.LLO_1454 | + | ||||
| 661367.LLO_2010 | + | ||||
| 661367.LLO_2168 | + | ||||
| 661367.LLO_2558 | + | ||||
| 661367.LLO_2826 | PF05141 | ||||
| 661367.LLO_1922 | + | ||||
| 661367.LLO_1928 | + | ||||
| 661367.LLO_1929 | + | ||||
| 661367.LLO_3207 | + | ||||
| 661367.LLO_1855 | + | ||||
| 661367.LLO_0160 | + | ||||
| 661367.LLO_0087 | + | ||||
| 661367.LLO_1901 | + | ||||
| 661367.LLO_2220 | + | ||||
| 661367.LLO_2227 | + | ||||
| 661367.LLO_2224 | PF05141 | ||||
| 661367.LLO_0407 | + | ||||
| 661367.LLO_0625 | (PF06414) | ||||
| 661367.LLO_2313 | + | ||||
| 661367.LLO_2006 | + | ||||
| 661367.LLO_1598 | + | ||||
| 661367.LLO_1919 | + | ||||
| 661367.LLO_1918 | + | ||||
| 661367.LLO_2582 | + | ||||
| 661367.LLO_0327 | PF00617 | ||||
| 661367.LLO_1122 | + | ||||
| 661367.LLO_1123 | + | ||||
| 661367.LLO_1677 | + | ||||
| 661367.LLO_1307 | + | ||||
| 661367.LLO_3182 | + | ||||
| 661367.LLO_2616 | (PF07958) | ||||
| 661367.LLO_2615 | (PF12471) | ||||
| 661367.LLO_2611 | + | ||||
| 661367.LLO_2574 | + | ||||
| 661367.LLO_2774 | PF05794 | ||||
| 661367.LLO_1902 | + | ||||
| 661367.LLO_1904 | + | ||||
| 661367.LLO_2599 | + | ||||
| 661367.LLO_2590 | + | ||||
| 661367.LLO_0192 | + | ||||
| 661367.LLO_0425 | + | ||||
| 661367.LLO_1062 | + | ||||
| 661367.LLO_0516 | + | ||||
| 661367.LLO_1649 | + | ||||
| 661367.LLO_1640 | + | ||||
| 661367.LLO_1646 | (PF00023) | ||||
| 661367.LLO_1240 | + | ||||
| 661367.LLO_3427 | + | ||||
| 661367.LLO_2746 | + | ||||
| 661367.LLO_0674 | + | ||||
| 661367.LLO_1076 | + | ||||
| 661367.LLO_2297 | + | ||||
| 661367.LLO_1143 | + | ||||
| 661367.LLO_0831 | + | ||||
| 661367.LLO_2917 | (PF01427) | ||||
| 661367.LLO_3245 | + | ||||
| 661367.LLO_2922 | + | ||||
| 661367.LLO_3391 | + | ||||
| 661367.LLO_3390 | + | ||||
| 661367.LLO_0448 | (PF04564) | ||||
| 661367.LLO_0447 | + | ||||
| 661367.LLO_2352 | PF07145 | ||||
| 661367.LLO_1393 | + | ||||
| 661367.LLO_1394 | (PF12796) | ||||
| 661367.LLO_1000 | + | ||||
| 661367.LLO_1628 | + | ||||
| 661367.LLO_0038 | + | ||||
| 661367.LLO_0200 | + | ||||
| 661367.LLO_1715 | (PF00023) | ||||
| 661367.LLO_1713 | + | ||||
| 661367.LLO_1719 | + | ||||
| 661367.LLO_1537 | + | ||||
| 661367.LLO_3409 | + | ||||
| 661367.LLO_3408 | + | ||||
| 661367.LLO_2624 | (PF00657) | ||||
| 661367.LLO_2628 | + | ||||
| 661367.LLO_2439 | + | ||||
| 661367.LLO_3098 | + | ||||
| 661367.LLO_3096 | + | ||||
| 661367.LLO_3097 | + | ||||
| 661367.LLO_3384 | + | ||||
| 661367.LLO_3383 | + | ||||
| 661367.LLO_1019 | + | ||||
| 661367.LLO_1013 | (PF02902) | ||||
| 661367.LLO_0015 | + | ||||
| 661367.LLO_1639 | (PF01427) | ||||
| 661367.LLO_1707 | + | ||||
| 661367.LLO_0123 | + | ||||
| 661367.LLO_1525 | + | ||||
| 661367.LLO_1527 | + | ||||
| 661367.LLO_0995 | (PF00657) | ||||
| 661367.LLO_2381 | + | ||||
| 661367.LLO_0873 | + | ||||
| 661367.LLO_2656 | + | ||||
| 661367.LLO_2655 | + | ||||
| 661367.LLO_2731 | + | ||||
| 661367.LLO_2429 | (PF06414) | ||||
| 661367.LLO_3265 | + | ||||
| 661367.LLO_3266 | + | ||||
| 661367.LLO_3288 | (PF00071) | ||||
| 661367.LLO_3287 | + | ||||
| 661367.LLO_0557 | + | ||||
| 661367.LLO_0005 | + | ||||
| 661367.LLO_1515 | + | ||||
| 661367.LLO_2392 | + | ||||
| 661367.LLO_1358 | PF00153 | ||||
| 661367.LLO_1601 | + | ||||
| 661367.LLO_1600 | + | ||||
| 661367.LLO_2643 | PF01535 | ||||
| 661367.LLO_2645 | + | ||||
| 661367.LLO_2415 | + | ||||
| 661367.LLO_3117 | + | ||||
| 661367.LLO_3114 | + | ||||
| 661367.LLO_3270 | + | ||||
| 661367.LLO_0720 | + | ||||
| 661367.LLO_2890 | + | ||||
| 661367.LLO_0253 | + | ||||
| 661367.LLO_0252 | PF00617 | ||||
| 661367.LLO_1034 | + | ||||
| 661367.LLO_1728 | + | ||||
| 661367.LLO_0105 | + | ||||
| 661367.LLO_1506 | + | ||||
| 661367.LLO_1618 | (PF12796) | ||||
| 661367.LLO_1348 | + | ||||
| 661367.LLO_1611 | (PF01427) | ||||
| 661367.LLO_1340 | + | ||||
| 661367.LLO_2675 | (PF01427) | ||||
| 661367.LLO_1129 | + | ||||
| 661367.LLO_2406 | + | ||||
| 661367.LLO_2404 | + | ||||
| 661367.LLO_3049 | + | ||||
| 661367.LLO_0246 | (PF12796) | ||||
| 661367.LLO_0247 | PF05042 | ||||
| 661367.LLO_1910 | + | ||||
| 661367.LLO_2249 | + | ||||
| 661367.LLO_0115 | (PF13637) | ||||
| 661367.LLO_3445 | + | ||||
| 661367.LLO_1576 | + | ||||
| 661367.LLO_1371 | (PF12796) | ||||
| 661367.LLO_1372 | + | ||||
| 661367.LLO_1409 | + | ||||
| 661367.LLO_1404 | PF01535 | ||||
| 661367.LLO_1403 | + | ||||
| 661367.LLO_1402 | + | ||||
| 661367.LLO_2669 | + | ||||
| 661367.LLO_2060 | + | ||||
| 661367.LLO_3131 | + | ||||
| 661367.LLO_2983 | + | ||||
| 661367.LLO_2505 | + | ||||
| 661367.LLO_1978 | + | ||||
| 661367.LLO_1650 | + | ||||
| 661367.LLO_0586 | + | ||||
| 661367.LLO_0565 | + | ||||
| 661367.LLO_2270 | (PF01633) | ||||
| 661367.LLO_1741 | + | ||||
| 661367.LLO_1742 | (PF12796) | ||||
| 661367.LLO_1184 | + | ||||
| 661367.LLO_1369 | + | ||||
| 661367.LLO_0833 | + | ||||
| 661367.LLO_1412 | + | ||||
| 661367.LLO_0903 | (PF13516) | ||||
| 661367.LLO_2549 | + | ||||
| 661367.LLO_2425 | + | ||||
| 661367.LLO_3020 | + | ||||
| 661367.LLO_3430 | + | ||||
| 661367.LLO_2837 | + | ||||
| 661367.LLO_3224 | + | ||||
| 661367.LLO_3335 | + | ||||
| 661367.LLO_3334 | + | ||||
| 661367.LLO_0178 | + | ||||
| 661367.LLO_0025 | + | ||||
| 661367.LLO_1314 | (PF13516) | ||||
| 661367.LLO_1427 | + | ||||
| 661367.LLO_1426 | + | ||||
| 661367.LLO_1225 | + | ||||
| 661367.LLO_0916 | + | ||||
| 661367.LLO_0614 | + | ||||
| 661367.LLO_2453 | + | ||||
| 661367.LLO_2522 | + | ||||
| 661367.LLO_2525 | + | ||||
| 661367.LLO_2526 | + | ||||
| 661367.LLO_0925 | + | ||||
| 661367.LLO_3322 | (PF05761) | ||||
| 661367.LLO_0214 | + | ||||
| 661367.LLO_0212 | + | ||||
| 661367.LLO_0360 | + | ||||
| 661367.LLO_2218 | + | ||||
| 661367.LLO_1097 | + | ||||
| 661367.LLO_2212 | PF05141 | ||||
| 661367.LLO_1571 | + | ||||
| 661367.LLO_1168 | (PF12796) | ||||
| 661367.LLO_2327 | PF00017 | ||||
| 661367.LLO_1308 | + | ||||
| 661367.LLO_3146 | + | ||||
| 661367.LLO_1898 | (PF06414) | ||||
| 661367.LLO_2206 | (PF00648) | ||||
| 661367.LLO_1156 | + | ||||
| 661367.LLO_0791 | + | ||||
| 661367.LLO_0793 | + | ||||
| 661367.LLO_0972 | + | ||||
| 661367.LLO_3086 | + | ||||
| 661367.LLO_2491 | + | ||||
| 661367.LLO_0093 | + | ||||
| 661367.LLO_1142 | (PF12796) | ||||
| 661367.LLO_0640 | + | ||||
| 661367.LLO_1327 | + |
Detailed merged results for each protein sequence
- Detailed merged results as table (merge_results.html)
- Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)
Individual results for each protein sequence
- T4SEpre bpbAac predictions (T4SEpre_bpbAac_FinalResult.csv)
- T4SEpre psAac predictions (T4SEpre_psAac_FinalResult.csv)
- EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
- Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
- Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)
Genome based results
Summary
- Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
- Functional Type III secretion system: NO (FDR = 12.5 %)
- Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
Estimated copy number = 0.8 (8/10 KEGG proteins)
- Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)
Individual results for each secretion system
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type III secretion system (T3_top100_COGS.xls)
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type IV secretion system (T4_top100_COGS.xls)
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type VI secretion system (T6_top100_COGS.xls)
- List of COGs assigned to Type III secretion system in KEGG (T3SS_KEGG_cmp.xls)
- List of COGs assigned to Type IV secretion system in KEGG (T4SS_KEGG_cmp.xls)
- List of COGs assigned to Type VI secretion system in KEGG (T6SS_KEGG_cmp.xls)
Parameters:
==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================
Estimated copy number = 0.8 (8/10 KEGG proteins)
Release announcements
News
Latest publications
Contact
- +43 1 4277 76681
- +43 1 4277 876681
- contact.cube@univie.ac.at
