Effective results for Pseudomonas fluorescens SBW25 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 790
- Predicted by EffectiveT3: 245 (high confidence), 355 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 16 within, 11 before, 41 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 108
- Predicted by EffectiveELD: 19 eukaryotic-like domains, contained in 52 proteins (1 high, 51 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type III, (Type IV), Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
216595.PFLU2268(PF14686) (PF09284) (PF14683)ER
216595.PFLU2594(PF11162)mitochondrial
216595.PFLU3246(PF13332)(mitochondrial)
216595.PFLU5166+(mitochondrial)
216595.PFLU1278+ER
216595.PFLU4760+(ER)
216595.PFLU0703+ER
216595.PFLU0068+ER
216595.PFLU4978+mitochondrial
216595.PFLU0391+(mitochondrial)
216595.PFLU1622+(mitochondrial)
216595.PFLU4411(>)ER
216595.PFLU0233+ER
216595.PFLU3111(>)(ER)
216595.PFLU0916+ER
216595.PFLU0834+(mitochondrial)
216595.PFLU0215+ER
216595.PFLU3025+ER
216595.PFLU2942(PF11162)ER
216595.PFLU4329(<)ER
216595.PFLU2341(>)mitochondrial; (mitochondrial)
216595.PFLU4936+ER
216595.PFLU1860+ER
216595.PFLU5576+ER
216595.PFLU4199+(mitochondrial); (plastid)
216595.PFLU0468(PF06293)ER
216595.PFLU1730(>)ER
216595.PFLU0480(+)(PF06293)mitochondrial; (mitochondrial)
216595.PFLU4484(>)(mitochondrial); mitochondrial
216595.PFLU4241+(mitochondrial)
216595.PFLU3022+mitochondrial; (mitochondrial)
216595.PFLU3622(PF11162)ER
216595.PFLU2699+ER
216595.PFLU2522+ER
216595.PFLU2980+ER
216595.PFLU3696(>)ER; (ER)
216595.PFLU5092+(ER)
216595.PFLU2044(>)ER
216595.PFLU0891+ER
216595.PFLU1057+ER
216595.PFLU1581(>)ER
216595.PFLU3631+(mitochondrial)
216595.PFLU2804(>)mitochondrial; plastid
216595.PFLU0162+ER
216595.PFLU4635+ER
216595.PFLU5481+mitochondrial
216595.PFLU4282+ER
216595.PFLU0050(PF03162)ER
216595.PFLU1016+ER
216595.PFLU3088+(mitochondrial)
216595.PFLU2509A(PF11162)ER
216595.PFLU0240+(mitochondrial)
216595.PFLU5999+(ER)
216595.PFLU4252(PF09825)ER
216595.PFLU5855(>)ER
216595.PFLU0735PF04733ER
216595.PFLU4994+(mitochondrial)
216595.PFLU1343(<)(ER)
216595.PFLU1367+(ER)
216595.PFLU1892(>)(ER)
216595.PFLU3946+ER
216595.PFLU0941+ER
216595.PFLU1139+ER
216595.PFLU4063+ER
216595.PFLU2744+ER
216595.PFLU0093(<)ER
216595.PFLU2358(<)ER
216595.PFLU2913+ER
216595.PFLU2930+ER
216595.PFLU2092(>)(mitochondrial)
216595.PFLU4929(<)ER
216595.PFLU4925+ER
216595.PFLU3318+ER
216595.PFLU4029+ER; (ER)
216595.PFLU4907+ER
216595.PFLU4908+ER
216595.PFLU4276+(mitochondrial); mitochondrial
216595.PFLU0598(PF11162)ER
216595.PFLU0596(PF11162)(mitochondrial)
216595.PFLU0373+(ER)
216595.PFLU0757+ER
216595.PFLU3047+ER
216595.PFLU6017++(plastid)
216595.PFLU3191(PF13332)(mitochondrial)
216595.PFLU2571+(ER); (mitochondrial)
216595.PFLU1930+ER
216595.PFLU1219+ER
216595.PFLU5164+(<)
216595.PFLU4563++
216595.PFLU2602+(plastid)
216595.PFLU5633(+)ER
216595.PFLU0253+(plastid)
216595.PFLU0252+(plastid)
216595.PFLU0397(+)(mitochondrial)
216595.PFLU0652(>)(ER)
216595.PFLU5457(+)ER; (ER)
216595.PFLU0003(+)(mitochondrial)
216595.PFLU3931(PF02882)(plastid)
216595.PFLU2668+plastid
216595.PFLU3605(+)mitochondrial
216595.PFLU1887+(mitochondrial)
216595.PFLU4680(+)(mitochondrial); plastid
216595.PFLU3175(+)mitochondrial
216595.PFLU5206(+)(mitochondrial); (plastid)
216595.PFLU4643+(PF02133)
216595.PFLU5590+(ER)
216595.PFLU0850++
216595.PFLU1450+plastid
216595.PFLU5904+(ER)
216595.PFLU0446(+)ER
216595.PFLU5382(<)(mitochondrial); not used
216595.PFLU3658(+)mitochondrial; (mitochondrial)
216595.PFLU0810+(plastid)
216595.PFLU5942+(PF06945)
216595.PFLU5946(PF01678)(mitochondrial)
216595.PFLU2505(+)ER; (ER)
216595.PFLU2697(+)ER
216595.PFLU1037++
216595.PFLU1794(+)ER
216595.PFLU4911+(>)
216595.PFLU4264+(plastid)
216595.PFLU5797++
216595.PFLU0566(+)mitochondrial; plastid
216595.PFLU1960(+)(ER)
216595.PFLU0308+(plastid)
216595.PFLU1559(+)(ER)
216595.PFLU3181+(PF12893)
216595.PFLU3182(+)ER
216595.PFLU3233+plastid
216595.PFLU0522++
216595.PFLU3017+plastid
216595.PFLU1015(+)ER; (ER)
216595.PFLU6046(+)(ER)
216595.PFLU6049+(plastid)
216595.PFLU4777+(plastid)
216595.PFLU4128+(mitochondrial)
216595.PFLU4250(+)(mitochondrial); plastid
216595.PFLU4730+plastid
216595.PFLU4691+(PF02133)
216595.PFLU1092(+)ER
216595.PFLU1897(+)mitochondrial; (mitochondrial)
216595.PFLU4580(+)ER
216595.PFLU3345A(+)ER
216595.PFLU0189+(plastid)
216595.PFLU4448+plastid
216595.PFLU0867(<)+
216595.PFLU2701(+)(ER)
216595.PFLU1817+(mitochondrial)
216595.PFLU3446+plastid
216595.PFLU4216(PF16485)(ER)
216595.PFLU2211(+)(ER)
216595.PFLU4909(+)ER
216595.PFLU0592+(plastid)
216595.PFLU2233(+)(mitochondrial)
216595.PFLU5657+(PF02133)
216595.PFLU5314(>)(plastid)
216595.PFLU5313+(mitochondrial)
216595.PFLU2830(+)ER
216595.PFLU1563(+)(mitochondrial); (plastid)
216595.PFLU6035+(ER)
216595.PFLU4780+(plastid)
216595.PFLU4941+(plastid)
216595.PFLU0148(PF13332)(ER)
216595.PFLU1061+(plastid)
216595.PFLU3508(+)ER
216595.PFLU1217+(plastid)
216595.PFLU2590+
216595.PFLU0530+
216595.PFLU3748+
216595.PFLU1271+
216595.PFLU0278+
216595.PFLU6059+
216595.PFLU2604(+)(mitochondrial)
216595.PFLU5496+
216595.PFLU4818+
216595.PFLU4545+
216595.PFLU4813+
216595.PFLU5142(>)
216595.PFLU5636+
216595.PFLU4955+
216595.PFLU1026+
216595.PFLU3091+
216595.PFLU3095+
216595.PFLU4153+
216595.PFLU4159+
216595.PFLU5821+
216595.PFLU3281+
216595.PFLU4832+
216595.PFLU5610+
216595.PFLU1667(>)
216595.PFLU1662(>)
216595.PFLU4473+
216595.PFLU0392+
216595.PFLU0394+
216595.PFLU3705+
216595.PFLU4415+
216595.PFLU0123+
216595.PFLU4132+
216595.PFLU5848(+)(ER)
216595.PFLU5843+
216595.PFLU5846+
216595.PFLU2894+
216595.PFLU0725+
216595.PFLU4729+
216595.PFLU5980+
216595.PFLU0002+
216595.PFLU1354+
216595.PFLU3585+
216595.PFLU2328(PF02882)
216595.PFLU4113+
216595.PFLU3257+
216595.PFLU5243(+)(>)
216595.PFLU1164+
216595.PFLU1165+
216595.PFLU4876(PF06945)
216595.PFLU5659+
216595.PFLU4926(>)
216595.PFLU1373+
216595.PFLU1374+
216595.PFLU0970+
216595.PFLU0978+
216595.PFLU1881+
216595.PFLU3955+
216595.PFLU4685(>)
216595.PFLU4898(+)(plastid)
216595.PFLU5416+
216595.PFLU4401(>)
216595.PFLU2145+
216595.PFLU0646+
216595.PFLU2968+
216595.PFLU4624+
216595.PFLU2774+
216595.PFLU2772+
216595.PFLU1844+
216595.PFLU3994+
216595.PFLU3990+
216595.PFLU2169+
216595.PFLU3694(+)plastid
216595.PFLU5205+
216595.PFLU2346+
216595.PFLU4641+
216595.PFLU5597(+)plastid
216595.PFLU5591+
216595.PFLU1458(+)(plastid)
216595.PFLU1101(+)+
216595.PFLU5019(PF06945)
216595.PFLU5016+
216595.PFLU1861(+)(ER)
216595.PFLU0514+
216595.PFLU2100+
216595.PFLU2104(PF01678)
216595.PFLU3417+
216595.PFLU3414+
216595.PFLU5718+
216595.PFLU0293+
216595.PFLU2928+
216595.PFLU2920+
216595.PFLU0878(>)
216595.PFLU0874+
216595.PFLU3683+
216595.PFLU4654(>)
216595.PFLU4385+
216595.PFLU4389+
216595.PFLU5384+
216595.PFLU5039+
216595.PFLU0604+
216595.PFLU0605(>)
216595.PFLU0466(PF06293)
216595.PFLU0467(PF06293)
216595.PFLU0465(PF06293)
216595.PFLU1807+
216595.PFLU1732+
216595.PFLU2381+
216595.PFLU2380+
216595.PFLU2382+
216595.PFLU5739+
216595.PFLU5927+
216595.PFLU3354+
216595.PFLU2716(>)
216595.PFLU3895+
216595.PFLU5052+
216595.PFLU0481+
216595.PFLU1534(PF03746)
216595.PFLU1751+
216595.PFLU3458+
216595.PFLU3457+
216595.PFLU4486(+)(plastid)
216595.PFLU2260+
216595.PFLU2261+
216595.PFLU2863+
216595.PFLU1772+
216595.PFLU4201+
216595.PFLU0589+
216595.PFLU1981+
216595.PFLU0362(PF02133)
216595.PFLU3556(PF01678)
216595.PFLU2061+
216595.PFLU2207(>)
216595.PFLU2208(>)
216595.PFLU3006+
216595.PFLU5894+
216595.PFLU5097+
216595.PFLU5091+
216595.PFLU5099(+)(>)
216595.PFLU2845+
216595.PFLU1793+
216595.PFLU3490+
216595.PFLU4266(+)(plastid)
216595.PFLU5794+
216595.PFLU5138+
216595.PFLU5137+
216595.PFLU5130+
216595.PFLU0568+
216595.PFLU0309+
216595.PFLU5304+
216595.PFLU1558+
216595.PFLU6024+
216595.PFLU6025+
216595.PFLU6020+
216595.PFLU4797(PF03746)
216595.PFLU4539+
216595.PFLU0547(>)
216595.PFLU0098+
216595.PFLU0325(+)(plastid)
216595.PFLU2797+
216595.PFLU2795+
216595.PFLU3770(+)(plastid)
216595.PFLU1104+
216595.PFLU3183(PF12893)
216595.PFLU4512(PF02133)
216595.PFLU1694+
216595.PFLU1927+
216595.PFLU2000+
216595.PFLU2004+
216595.PFLU1522+
216595.PFLU3535(+)(ER)
216595.PFLU4162(<)
216595.PFLU1489+
216595.PFLU1484+
216595.PFLU1483+
216595.PFLU1482+
216595.PFLU4632+
216595.PFLU5628+
216595.PFLU0057+
216595.PFLU0054+
216595.PFLU2284(>)
216595.PFLU3737+
216595.PFLU1241(>)
216595.PFLU6047+
216595.PFLU4551+
216595.PFLU3274+
216595.PFLU1385(>)
216595.PFLU0927+
216595.PFLU0197+
216595.PFLU1034+
216595.PFLU3861+
216595.PFLU3718+
216595.PFLU2400+
216595.PFLU5190+
216595.PFLU5193+
216595.PFLU0247(>)
216595.PFLU0248+
216595.PFLU4713+
216595.PFLU5993(+)(plastid)
216595.PFLU3298+
216595.PFLU4828(<)
216595.PFLU5661(+)(plastid)
216595.PFLU5199+
216595.PFLU4445+
216595.PFLU4529+
216595.PFLU3206(PF13816)
216595.PFLU0723+
216595.PFLU3590+
216595.PFLU3339+
216595.PFLU4105+
216595.PFLU4455(+)(mitochondrial)
216595.PFLU5851+
216595.PFLU4992+
216595.PFLU4736+
216595.PFLU4847+
216595.PFLU1618(+)(plastid)
216595.PFLU1619+
216595.PFLU4194+
216595.PFLU0209+
216595.PFLU1154+
216595.PFLU1408+
216595.PFLU4726+
216595.PFLU4722+
216595.PFLU1362+
216595.PFLU3941(PF02133)
216595.PFLU2782(+)(PF06945)
216595.PFLU2315(PF02133)
216595.PFLU3374+
216595.PFLU4112+
216595.PFLU1130(+)(mitochondrial)
216595.PFLU2765+
216595.PFLU3148+
216595.PFLU4082+
216595.PFLU5683(+)+
216595.PFLU3963(>)
216595.PFLU4056+
216595.PFLU2159+
216595.PFLU2370+
216595.PFLU4430(+)plastid
216595.PFLU5749+
216595.PFLU5744+
216595.PFLU3424+
216595.PFLU3166(PF12893)
216595.PFLU3167(PF12893)
216595.PFLU2949B+
216595.PFLU2949A+
216595.PFLU3464+
216595.PFLU2170+
216595.PFLU4981(PF06293)
216595.PFLU3409+
216595.PFLU2722+
216595.PFLU2727+
216595.PFLU4733(>)
216595.PFLU5971+
216595.PFLU5976+
216595.PFLU2320(PF02882)
216595.PFLU4373(>)
216595.PFLU5029+
216595.PFLU5022+
216595.PFLU5027+
216595.PFLU0613+
216595.PFLU2111(+)(PF02133)
216595.PFLU4969+
216595.PFLU5560(<)
216595.PFLU3463+
216595.PFLU6130+
216595.PFLU2456(+)(PF05277)
216595.PFLU3078+
216595.PFLU3073+
216595.PFLU4394+
216595.PFLU3223+
216595.PFLU0493(PF02133)
216595.PFLU1614+
216595.PFLU0498+
216595.PFLU0743+
216595.PFLU0213+
216595.PFLU1723+
216595.PFLU2397+
216595.PFLU4945+
216595.PFLU5722+
216595.PFLU2099+
216595.PFLU4008+
216595.PFLU5068(>)
216595.PFLU2875+
216595.PFLU2874(PF12949)
216595.PFLU1833+
216595.PFLU2516+
216595.PFLU4212+
216595.PFLU5290+
216595.PFLU1995(PF03746)
216595.PFLU1990+
216595.PFLU1685+
216595.PFLU0355(+)(mitochondrial)
216595.PFLU0821+
216595.PFLU4020(PF03746)
216595.PFLU5887+
216595.PFLU5883+
216595.PFLU5881+
216595.PFLU2851+
216595.PFLU0812+
216595.PFLU1501(+)(ER)
216595.PFLU1768+
216595.PFLU3480(+)(mitochondrial)
216595.PFLU3488(PF06945)
216595.PFLU5500+
216595.PFLU4272+
216595.PFLU2993+
216595.PFLU1976+
216595.PFLU1970+
216595.PFLU0374+
216595.PFLU3765A+
216595.PFLU4518(PF02133)
216595.PFLU0780(>)
216595.PFLU4783+
216595.PFLU4258+
216595.PFLU0574+
216595.PFLU1880+
216595.PFLU0315+
216595.PFLU3956+
216595.PFLU1047+
216595.PFLU3566+
216595.PFLU4064+
216595.PFLU6015+
216595.PFLU2573+
216595.PFLU2574(>)
216595.PFLU5103(+)(mitochondrial)
216595.PFLU0558(>)
216595.PFLU1939+
216595.PFLU1934+
216595.PFLU1062(+)(plastid)
216595.PFLU5359+
216595.PFLU5353+
216595.PFLU5350(+)(ER)
216595.PFLU1824(+)
216595.PFLU1917(+)
216595.PFLU1003(+)
216595.PFLU2294(+)
216595.PFLU3745(+)
216595.PFLU2439(+)
216595.PFLU4179(+)
216595.PFLU1270(+)
216595.PFLU0279(+)
216595.PFLU0276(+)
216595.PFLU0274(+)
216595.PFLU1492(+)
216595.PFLU5494(+)
216595.PFLU0048(+)
216595.PFLU1646(+)
216595.PFLU3890(+)
216595.PFLU3285(+)
216595.PFLU4831(+)
216595.PFLU4836(+)
216595.PFLU1911(+)
216595.PFLU0396(+)
216595.PFLU0122(+)
216595.PFLU3116(+)
216595.PFLU5459(+)
216595.PFLU5674(+)
216595.PFLU5676(+)
216595.PFLU5678(+)
216595.PFLU1601(+)
216595.PFLU0836(+)
216595.PFLU0340(+)
216595.PFLU2184(+)
216595.PFLU3586(+)
216595.PFLU5866(+)
216595.PFLU5863(+)
216595.PFLU5862(+)
216595.PFLU3134(+)
216595.PFLU4873(+)
216595.PFLU0687(+)
216595.PFLU5154(+)
216595.PFLU1883(+)
216595.PFLU1884(+)
216595.PFLU0507(+)
216595.PFLU4681(+)
216595.PFLU2306(+)
216595.PFLU1087A(+)
216595.PFLU1142(+)
216595.PFLU3159(+)
216595.PFLU3153(+)
216595.PFLU3151(+)
216595.PFLU3154(+)
216595.PFLU4897(+)
216595.PFLU1677(+)
216595.PFLU4327(+)
216595.PFLU1319(+)
216595.PFLU4668(+)
216595.PFLU0136(+)
216595.PFLU2499(+)
216595.PFLU4407(+)
216595.PFLU5757(+)
216595.PFLU2281(+)
216595.PFLU2778(+)
216595.PFLU4347(+)
216595.PFLU5203(+)
216595.PFLU4348(+)
216595.PFLU3997(+)
216595.PFLU3692(+)
216595.PFLU2340(+)
216595.PFLU5595(+)
216595.PFLU5778(+)
216595.PFLU2907(+)
216595.PFLU2905(+)
216595.PFLU2908(+)
216595.PFLU3241(+)
216595.PFLU2844A(+)
216595.PFLU5366(+)
216595.PFLU5813(+)
216595.PFLU4814(+)
216595.PFLU3261(+)
216595.PFLU1868(+)
216595.PFLU0992(+)
216595.PFLU2102(+)
216595.PFLU2106(+)
216595.PFLU1716(+)
216595.PFLU1710(+)
216595.PFLU3411(+)
216595.PFLU5717(+)
216595.PFLU2926(+)
216595.PFLU0873(+)
216595.PFLU1475(+)
216595.PFLU6124(+)
216595.PFLU6128(+)
216595.PFLU5967+
216595.PFLU2249(+)
216595.PFLU3045(+)
216595.PFLU0660(+)
216595.PFLU1756(+)
216595.PFLU4243(+)
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216595.PFLU2264(+)
216595.PFLU3278(+)
216595.PFLU1597(+)
216595.PFLU4553(+)
216595.PFLU1773(+)
216595.PFLU3614(+)
216595.PFLU4207(+)
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216595.PFLU1984(+)
216595.PFLU0366(+)
216595.PFLU3550(+)
216595.PFLU2206(+)
216595.PFLU2209(+)
216595.PFLU1578(+)
216595.PFLU2547(+)
216595.PFLU4260(+)
216595.PFLU1968(+)
216595.PFLU1969(+)not used
216595.PFLU3791(+)
216595.PFLU3792(+)
216595.PFLU4079(+)
216595.PFLU5306(+)
216595.PFLU0174(+)
216595.PFLU0175(+)
216595.PFLU0177(+)
216595.PFLU0798(+)
216595.PFLU0721(+)
216595.PFLU4794(+)
216595.PFLU2563(+)
216595.PFLU1948(+)
216595.PFLU1051(+)
216595.PFLU3632(+)
216595.PFLU3519(+)
216595.PFLU1202(+)
216595.PFLU2585(+)
216595.PFLU2009(+)
216595.PFLU4167(+)
216595.PFLU5341(+)
216595.PFLU1263(+)
216595.PFLU6063(+)
216595.PFLU4754(+)
216595.PFLU4750(+)
216595.PFLU5485(+)
216595.PFLU4286(+)
216595.PFLU5151(+)
216595.PFLU3872(+)
216595.PFLU3888(+)
216595.PFLU4148(+)
216595.PFLU5362(+)
216595.PFLU1249(+)
216595.PFLU0269(+)
216595.PFLU0263(+)
216595.PFLU6045(+)
216595.PFLU0071(+)
216595.PFLU0075(+)
216595.PFLU3860(+)
216595.PFLU4823(+)
216595.PFLU5832(+)
216595.PFLU5440(+)
216595.PFLU5990(+)
216595.PFLU4446(+)
216595.PFLU0906(+)
216595.PFLU0236(+)
216595.PFLU4452(+)
216595.PFLU2886(+)
216595.PFLU4991(+)
216595.PFLU4997(+)
216595.PFLU3103(+)
216595.PFLU4849(+)
216595.PFLU0039(+)
216595.PFLU5648(+)
216595.PFLU0690(+)
216595.PFLU0693(+)
216595.PFLU1348(+)
216595.PFLU3822(+)
216595.PFLU3315(+)
216595.PFLU3128(+)
216595.PFLU4868(+)
216595.PFLU4727(+)
216595.PFLU5401(+)
216595.PFLU5407(+)
216595.PFLU1368(+)
216595.PFLU1366(+)
216595.PFLU4450(+)
216595.PFLU1361(+)
216595.PFLU3940(+)
216595.PFLU3943(+)
216595.PFLU4670(+)
216595.PFLU2316(+)
216595.PFLU3371(+)
216595.PFLU3375(+)
216595.PFLU5233(+)
216595.PFLU5234(+)
216595.PFLU2959(+)
216595.PFLU2957(+)
216595.PFLU2764(+)
216595.PFLU3146(+)
216595.PFLU4080(+)
216595.PFLU4338(+)
216595.PFLU1308(+)
216595.PFLU3219(+)
216595.PFLU4053(+)
216595.PFLU4535(+)
216595.PFLU0438(+)
216595.PFLU2158(+)
216595.PFLU2371(+)
216595.PFLU1443(+)
216595.PFLU1442(+)
216595.PFLU2740(+)
216595.PFLU4359(+)
216595.PFLU3390(+)
216595.PFLU3987(+)
216595.PFLU3988(+)
216595.PFLU0988(+)
216595.PFLU3407(+)
216595.PFLU5760(+)
216595.PFLU0849(+)
216595.PFLU1464(+)
216595.PFLU6113(+)
216595.PFLU5978(+)
216595.PFLU5970(+)
216595.PFLU4447(+)
216595.PFLU4442(+)
216595.PFLU0615(+)
216595.PFLU0479(+)
216595.PFLU1704(+)
216595.PFLU4619(+)
216595.PFLU3461(+)
216595.PFLU5709(+)
216595.PFLU0860(+)
216595.PFLU2704(+)
216595.PFLU5041(+)
216595.PFLU5045(+)
216595.PFLU0673(+)
216595.PFLU0672(+)
216595.PFLU0675(+)
216595.PFLU2131(+)
216595.PFLU2138(+)
216595.PFLU3445(+)
216595.PFLU3444(+)
216595.PFLU5542(+)
216595.PFLU2253(+)
216595.PFLU2095(+)
216595.PFLU4009(+)
216595.PFLU0658(+)
216595.PFLU2873(+)
216595.PFLU1831(+)
216595.PFLU5292(+)
216595.PFLU1198(+)
216595.PFLU1996(+)
216595.PFLU0359(+)
216595.PFLU3034(+)
216595.PFLU3317(+)
216595.PFLU2854(+)
216595.PFLU0492(+)
216595.PFLU3625(+)
216595.PFLU2534(+)
216595.PFLU3482(+)
216595.PFLU5502(+)
216595.PFLU2991(+)
216595.PFLU5477(+)
216595.PFLU1975(+)
216595.PFLU1974(+)
216595.PFLU2239(+)
216595.PFLU2236(+)
216595.PFLU2232(+)
216595.PFLU3546(+)
216595.PFLU3547(+)
216595.PFLU0788(+)
216595.PFLU0784(+)not used
216595.PFLU5788(+)
216595.PFLU5784(+)
216595.PFLU5785(+)
216595.PFLU5127(+)
216595.PFLU5123(+)
216595.PFLU0576(+)
216595.PFLU2035(+)
216595.PFLU2715(+)
216595.PFLU1042(+)
216595.PFLU2785(+)
216595.PFLU2787(+)
216595.PFLU4490(+)
216595.PFLU4128C(+)
216595.PFLU1540(+)
216595.PFLU6011(+)
216595.PFLU2570(+)
216595.PFLU3225(+)
216595.PFLU3224(+)
216595.PFLU4806(+)
216595.PFLU4462(+)
216595.PFLU3503(+)
216595.PFLU3831(+)
216595.PFLU6079(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 1.2 (12/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
    Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 2.5 (20/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================