Effective results for Pseudomonas protegens Pf-5 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 845
- Predicted by EffectiveT3: 248 (high confidence), 426 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 11 within, 19 before, 36 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 105
- Predicted by EffectiveELD: 15 eukaryotic-like domains, contained in 47 proteins (0 high, 47 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), (Type IV), Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
220664.PFL_3051+(PF02366)ER
220664.PFL_2991+(PF08242)(mitochondrial)
220664.PFL_2668+ER
220664.PFL_0802+(mitochondrial)
220664.PFL_1400+ER
220664.PFL_0230+ER
220664.PFL_4911+mitochondrial; (mitochondrial)
220664.PFL_3482+(mitochondrial); (plastid)
220664.PFL_5177+ER
220664.PFL_5125+ER
220664.PFL_4425(>)(mitochondrial)
220664.PFL_3439+ER
220664.PFL_1129+ER
220664.PFL_0052(PF03162)ER
220664.PFL_1846+mitochondrial; (mitochondrial)
220664.PFL_1330+ER
220664.PFL_2744+ER
220664.PFL_4173(>)ER
220664.PFL_0651(PF11162)ER
220664.PFL_5530+mitochondrial
220664.PFL_5859+ER
220664.PFL_1505+ER
220664.PFL_1500+ER
220664.PFL_3617(>)ER
220664.PFL_0313+ER
220664.PFL_0699+(mitochondrial)
220664.PFL_5935(>)ER
220664.PFL_3204(>)ER
220664.PFL_2029(PF13661)mitochondrial
220664.PFL_3540+ER
220664.PFL_1858+ER
220664.PFL_4327+(mitochondrial); mitochondrial
220664.PFL_3696+ER
220664.PFL_4758+ER
220664.PFL_4759+ER; (ER)
220664.PFL_4757+ER
220664.PFL_3335+(mitochondrial)
220664.PFL_4341(<)ER
220664.PFL_4345+(mitochondrial)
220664.PFL_0517(PF06293)ER
220664.PFL_4777(<)ER
220664.PFL_3713(>)ER
220664.PFL_2656+mitochondrial; (mitochondrial)
220664.PFL_4487+ER
220664.PFL_3104+ER
220664.PFL_0103+ER
220664.PFL_0249(>)mitochondrial; (mitochondrial)
220664.PFL_1970(>)ER
220664.PFL_2329+ER
220664.PFL_2328+ER
220664.PFL_1235+ER
220664.PFL_4266+ER
220664.PFL_1452+ER
220664.PFL_0622(PF13332)ER
220664.PFL_1911(<)ER
220664.PFL_1470(<)mitochondrial; (mitochondrial)
220664.PFL_3189+ER
220664.PFL_2581+(ER); (plastid)
220664.PFL_5953+(mitochondrial)
220664.PFL_5774+mitochondrial
220664.PFL_0932+ER
220664.PFL_5541+(mitochondrial); (plastid)
220664.PFL_5154+(PF03692)(plastid)
220664.PFL_3300(+)+(mitochondrial); plastid
220664.PFL_5717+ER
220664.PFL_6164+ER
220664.PFL_0395+ER
220664.PFL_2737+ER
220664.PFL_0649(PF11162)ER; (ER)
220664.PFL_1352+ER
220664.PFL_3241+ER
220664.PFL_3244+ER
220664.PFL_3978+ER
220664.PFL_3047(PF02366)ER
220664.PFL_3834+(mitochondrial); mitochondrial
220664.PFL_5087+(mitochondrial)
220664.PFL_0688+ER
220664.PFL_0543(>)ER
220664.PFL_4064(PF11162)ER
220664.PFL_2837+(ER)
220664.PFL_0526(>)(PF06293)(ER)
220664.PFL_4248(>)ER
220664.PFL_2489+(mitochondrial); (plastid)
220664.PFL_4740(+)(PF08787)(ER); (plastid)
220664.PFL_1672(>)ER
220664.PFL_2605(PF11162)mitochondrial
220664.PFL_5585(>)mitochondrial; (mitochondrial)
220664.PFL_4516+(ER)
220664.PFL_1612+(ER)
220664.PFL_2098+(<)
220664.PFL_0003(+)(mitochondrial)
220664.PFL_2775+(mitochondrial)
220664.PFL_2989+(PF08242)
220664.PFL_0820(+)ER; (ER)
220664.PFL_5647(<)(plastid)
220664.PFL_0790+(mitochondrial)
220664.PFL_1440+(plastid)
220664.PFL_2766(+)(ER)
220664.PFL_3656+plastid
220664.PFL_0194+(plastid)
220664.PFL_3867+(plastid)
220664.PFL_1715+(mitochondrial)
220664.PFL_0389+(PF03692)
220664.PFL_3468(+)(ER)
220664.PFL_4034(PF01678)(plastid)
220664.PFL_2702++
220664.PFL_2880(+)mitochondrial; (mitochondrial)
220664.PFL_1321+(ER)
220664.PFL_5877++
220664.PFL_3632(+)(ER)
220664.PFL_1984(>)(mitochondrial)
220664.PFL_3353(+)(ER)
220664.PFL_0911(>)(plastid)
220664.PFL_5152(+)(mitochondrial)
220664.PFL_5242(+)(ER)
220664.PFL_4683(+)ER
220664.PFL_6013(PF01678)(mitochondrial)
220664.PFL_2841+(ER)
220664.PFL_0166(PF13332)(mitochondrial)
220664.PFL_2493(+)mitochondrial; (mitochondrial)
220664.PFL_5348(+)(mitochondrial); (plastid)
220664.PFL_2572(+)ER; (mitochondrial)
220664.PFL_1646+plastid
220664.PFL_3228(+)(mitochondrial)
220664.PFL_1816(+)(mitochondrial); (plastid)
220664.PFL_4947+(plastid)
220664.PFL_1629+plastid
220664.PFL_0879(+)ER
220664.PFL_4718+(ER)
220664.PFL_4484+(plastid)
220664.PFL_2326+(plastid)
220664.PFL_4659+(plastid)
220664.PFL_4460+(plastid)
220664.PFL_4461+(PF02366)
220664.PFL_6105+(plastid)
220664.PFL_2794(+)(mitochondrial)
220664.PFL_2179(+)(mitochondrial)
220664.PFL_1917++
220664.PFL_0435(+)(mitochondrial)
220664.PFL_2589+(mitochondrial)
220664.PFL_0981++
220664.PFL_6120+(plastid)
220664.PFL_2240(+)(mitochondrial); (plastid)
220664.PFL_2138(+)(mitochondrial); plastid
220664.PFL_4395+(plastid)
220664.PFL_3416(+)(ER); (mitochondrial)
220664.PFL_6168+(plastid)
220664.PFL_0645+(plastid)
220664.PFL_4026+(plastid)
220664.PFL_0900(<)+
220664.PFL_4743(+)(mitochondrial)
220664.PFL_1866(+)ER
220664.PFL_3534+(plastid)
220664.PFL_4701+(plastid)
220664.PFL_4543+plastid
220664.PFL_5620(+)(ER)
220664.PFL_5628(+)ER; (ER)
220664.PFL_0544+
220664.PFL_0259+
220664.PFL_2030(>)
220664.PFL_4933+
220664.PFL_5040(>)
220664.PFL_5045(PF03692)
220664.PFL_1618+(mitochondrial)
220664.PFL_1619+
220664.PFL_3913+
220664.PFL_5186+
220664.PFL_0752+
220664.PFL_1407+
220664.PFL_2773(+)plastid
220664.PFL_5479+
220664.PFL_3421(+)(PF08787)
220664.PFL_5262+
220664.PFL_2469+
220664.PFL_1794(+)(ER)
220664.PFL_3480(<)
220664.PFL_3483+
220664.PFL_5412+
220664.PFL_1229(PF01453)
220664.PFL_2339+
220664.PFL_3313+
220664.PFL_4478+
220664.PFL_3174(+)+
220664.PFL_5780(+)(PF08787)
220664.PFL_4732+
220664.PFL_0154(+)+
220664.PFL_3551+
220664.PFL_1209+
220664.PFL_1149(>)
220664.PFL_5172+
220664.PFL_1925+
220664.PFL_1927+
220664.PFL_3975(+)+
220664.PFL_4416+
220664.PFL_6118+
220664.PFL_3423+
220664.PFL_2762(+)(PF08242)
220664.PFL_2768+
220664.PFL_0613+
220664.PFL_4626+
220664.PFL_4627(+)(mitochondrial)
220664.PFL_4628+
220664.PFL_1906(+)(plastid)
220664.PFL_2379+
220664.PFL_2372+
220664.PFL_1482+
220664.PFL_2594+
220664.PFL_6283+
220664.PFL_6130+
220664.PFL_6138+
220664.PFL_2901+
220664.PFL_1246+
220664.PFL_4191+
220664.PFL_4196(+)+
220664.PFL_0675+
220664.PFL_2124(PF02586)
220664.PFL_2127(PF01453)
220664.PFL_4601+
220664.PFL_5550+
220664.PFL_5556+
220664.PFL_1718+
220664.PFL_1405+
220664.PFL_0806+
220664.PFL_4170+
220664.PFL_2291(>)
220664.PFL_2721(>)
220664.PFL_2720+
220664.PFL_0658(>)
220664.PFL_4529+
220664.PFL_4383(>)
220664.PFL_3860+
220664.PFL_1732+
220664.PFL_3462+
220664.PFL_3283(<)
220664.PFL_4038+
220664.PFL_1282+
220664.PFL_5288(+)plastid
220664.PFL_1501+
220664.PFL_5516+
220664.PFL_3822(+)(plastid)
220664.PFL_4833(PF06293)
220664.PFL_1855+
220664.PFL_1751+
220664.PFL_1756(+)(plastid)
220664.PFL_1326+
220664.PFL_1327+
220664.PFL_1852+
220664.PFL_2065+
220664.PFL_5871+
220664.PFL_5720+
220664.PFL_6194(>)
220664.PFL_6191+
220664.PFL_6193+
220664.PFL_4589+
220664.PFL_4137+
220664.PFL_0696+
220664.PFL_3052+
220664.PFL_6037+
220664.PFL_3802(+)(mitochondrial)
220664.PFL_0577+
220664.PFL_0573(+)(ER)
220664.PFL_5306(>)
220664.PFL_1090+
220664.PFL_2213+
220664.PFL_1546+
220664.PFL_4688+
220664.PFL_2847+
220664.PFL_1302+
220664.PFL_1305(PF03692)
220664.PFL_4876+
220664.PFL_4303+
220664.PFL_3202(>)
220664.PFL_2539(PF01678)
220664.PFL_2535(>)
220664.PFL_2533+
220664.PFL_2020+
220664.PFL_2021(PF02586)
220664.PFL_2027+
220664.PFL_6222+
220664.PFL_3778+
220664.PFL_3770(+)(ER)
220664.PFL_0978+
220664.PFL_0308+
220664.PFL_5073+
220664.PFL_2826+
220664.PFL_1853+
220664.PFL_0538+
220664.PFL_2009+
220664.PFL_1669+
220664.PFL_4525+
220664.PFL_0959+
220664.PFL_0322+
220664.PFL_0328+
220664.PFL_1055+
220664.PFL_1057+
220664.PFL_5970+
220664.PFL_3568+
220664.PFL_3563+
220664.PFL_2612(+)(plastid)
220664.PFL_3691+
220664.PFL_2804+
220664.PFL_4340+
220664.PFL_4346+
220664.PFL_4965(>)
220664.PFL_0516(PF06293)
220664.PFL_0514(PF06293)
220664.PFL_0515(PF06293)
220664.PFL_2576+
220664.PFL_3734+
220664.PFL_5367+
220664.PFL_1072+
220664.PFL_0708+
220664.PFL_5951+
220664.PFL_2639(+)(ER)
220664.PFL_2631+
220664.PFL_4534+
220664.PFL_3846+
220664.PFL_0280+
220664.PFL_0493+
220664.PFL_2385+
220664.PFL_3521+
220664.PFL_3525(+)(plastid)
220664.PFL_6093+
220664.PFL_6092+
220664.PFL_1389(PF16715)
220664.PFL_0264(+)(plastid)
220664.PFL_5035+
220664.PFL_1034+
220664.PFL_1035+
220664.PFL_4482(>)
220664.PFL_4486+
220664.PFL_0002+
220664.PFL_3107+
220664.PFL_3101+
220664.PFL_3497+
220664.PFL_3492(PF08242)
220664.PFL_0100+
220664.PFL_5054+
220664.PFL_1195(<)
220664.PFL_2086+
220664.PFL_2088+
220664.PFL_5270+
220664.PFL_1975+
220664.PFL_4223+
220664.PFL_2692+
220664.PFL_2990(PF08242)
220664.PFL_2992+
220664.PFL_2994+
220664.PFL_2995+
220664.PFL_0228+
220664.PFL_2700+
220664.PFL_0591(+)(plastid)
220664.PFL_0594(>)
220664.PFL_5678+
220664.PFL_4678(+)(plastid)
220664.PFL_4672+
220664.PFL_4671+
220664.PFL_4203(>)
220664.PFL_2457+
220664.PFL_2451+
220664.PFL_4861+
220664.PFL_0785(+)(mitochondrial)
220664.PFL_1788+
220664.PFL_0145+
220664.PFL_5734+
220664.PFL_0432+
220664.PFL_2158(+)(plastid)
220664.PFL_2155+
220664.PFL_3796(PF02586)
220664.PFL_1932+
220664.PFL_1934+not used
220664.PFL_2303(+)(plastid)
220664.PFL_2308(PF05189)
220664.PFL_4793+
220664.PFL_4476+
220664.PFL_4479(+)plastid
220664.PFL_1219+
220664.PFL_0627+
220664.PFL_4631(+)(plastid)
220664.PFL_4415+
220664.PFL_2363+
220664.PFL_3369+
220664.PFL_1473+
220664.PFL_1475+
220664.PFL_0180+
220664.PFL_0184+
220664.PFL_4986+
220664.PFL_0604(>)
220664.PFL_0605+
220664.PFL_0601(<)
220664.PFL_3648+
220664.PFL_2343+
220664.PFL_3044(<)
220664.PFL_4426(+)(plastid)
220664.PFL_3594(+)(plastid)
220664.PFL_5826+
220664.PFL_1499(PF03692)
220664.PFL_6149+
220664.PFL_5483+
220664.PFL_5482+
220664.PFL_5722+
220664.PFL_1251+
220664.PFL_2285(+)(plastid)
220664.PFL_0667+
220664.PFL_2135(<)
220664.PFL_1532+
220664.PFL_4737+
220664.PFL_0393(+)(mitochondrial)
220664.PFL_3068+
220664.PFL_3607+
220664.PFL_1353(+)(plastid)
220664.PFL_4027+
220664.PFL_1294+
220664.PFL_4254+
220664.PFL_2245(PF16952)
220664.PFL_2711(+)(ER)
220664.PFL_5509(+)(mitochondrial)
220664.PFL_2876+
220664.PFL_1379+
220664.PFL_3831+
220664.PFL_1745+
220664.PFL_0568+
220664.PFL_6211(+)(<)
220664.PFL_0907+
220664.PFL_3455+
220664.PFL_5127(PF02586)
220664.PFL_4597(<)
220664.PFL_3349+
220664.PFL_4104+
220664.PFL_5271+
220664.PFL_1556(PF13332)
220664.PFL_1552(PF13332)
220664.PFL_2199+
220664.PFL_2194+
220664.PFL_2858(+)+
220664.PFL_1316+
220664.PFL_4410+
220664.PFL_2529+
220664.PFL_2528+
220664.PFL_0968+
220664.PFL_0967(+)(>)
220664.PFL_3360+
220664.PFL_2202+
220664.PFL_2204(>)
220664.PFL_2832+
220664.PFL_1844+
220664.PFL_0728(+)(ER)
220664.PFL_0524(+)(<)
220664.PFL_2541+
220664.PFL_2540+
220664.PFL_4855+
220664.PFL_3761+
220664.PFL_0941(<)
220664.PFL_0943(<)
220664.PFL_5688+
220664.PFL_3477+
220664.PFL_6061(+)(plastid)
220664.PFL_3682+
220664.PFL_3681+
220664.PFL_5098+
220664.PFL_1861+
220664.PFL_1865+
220664.PFL_5097+
220664.PFL_4331+
220664.PFL_2565+
220664.PFL_1676+
220664.PFL_3744+
220664.PFL_3740(PF02586)
220664.PFL_3748+
220664.PFL_0436+
220664.PFL_5377+
220664.PFL_5215(+)(>)
220664.PFL_1062+
220664.PFL_5969+
220664.PFL_0127+
220664.PFL_3511+
220664.PFL_6049+
220664.PFL_6040(+)(PF03692)
220664.PFL_6046+
220664.PFL_4761(+)(>)
220664.PFL_1801+
220664.PFL_4350+
220664.PFL_5009+
220664.PFL_1658+
220664.PFL_5391(>)
220664.PFL_5941(+)+
220664.PFL_2624(+)(ER)
220664.PFL_5759(+)+
220664.PFL_1826(+)(PF03692)
220664.PFL_2425+
220664.PFL_1635+
220664.PFL_5623(<)
220664.PFL_1027+
220664.PFL_2391(+)(plastid)
220664.PFL_2428+
220664.PFL_2643+
220664.PFL_6083+
220664.PFL_4727(+)
220664.PFL_3110(+)
220664.PFL_5458(+)
220664.PFL_3035(+)
220664.PFL_0250(+)
220664.PFL_0255(+)
220664.PFL_0258(+)
220664.PFL_3275(+)
220664.PFL_3917(+)
220664.PFL_2405(+)
220664.PFL_0753(+)
220664.PFL_0801(+)
220664.PFL_0238(+)
220664.PFL_3350(+)
220664.PFL_1967(+)
220664.PFL_3933(+)
220664.PFL_2466(+)
220664.PFL_2685(+)
220664.PFL_2682(+)
220664.PFL_3330(+)
220664.PFL_5745(+)
220664.PFL_3152(+)
220664.PFL_0173(+)
220664.PFL_0174(+)
220664.PFL_1888(+)
220664.PFL_4557(+)
220664.PFL_4554(+)
220664.PFL_4555(+)
220664.PFL_2143(+)
220664.PFL_2140(+)
220664.PFL_4669(+)
220664.PFL_4664(+)
220664.PFL_4665(+)
220664.PFL_4667(+)
220664.PFL_0796(+)
220664.PFL_3316(+)
220664.PFL_4789(+)
220664.PFL_5788(+)
220664.PFL_3555(+)
220664.PFL_2940(+)
220664.PFL_2949+
220664.PFL_5171(+)
220664.PFL_5175(+)
220664.PFL_4642(+)
220664.PFL_4641(+)
220664.PFL_1926(+)
220664.PFL_3977(+)
220664.PFL_5468(+)
220664.PFL_4565(+)
220664.PFL_1469(+)
220664.PFL_1467(+)
220664.PFL_3199(+)
220664.PFL_6116(+)
220664.PFL_6112(+)
220664.PFL_2967(+)
220664.PFL_4232(+)
220664.PFL_1691(+)
220664.PFL_2102(+)
220664.PFL_2108(+)
220664.PFL_0057(+)
220664.PFL_5100(+)
220664.PFL_2378(+)
220664.PFL_2377(+)
220664.PFL_5814(+)
220664.PFL_1480(+)
220664.PFL_6280(+)
220664.PFL_0197(+)
220664.PFL_2900(+)
220664.PFL_5229(+)
220664.PFL_1241(+)
220664.PFL_4992(+)
220664.PFL_4600(+)
220664.PFL_5558(+)
220664.PFL_0074(+)
220664.PFL_0078(+)
220664.PFL_0800(+)
220664.PFL_5765(+)
220664.PFL_5760(+)
220664.PFL_5498(+)
220664.PFL_2015(+)
220664.PFL_2011(+)
220664.PFL_2722(+)
220664.PFL_0655(+)
220664.PFL_1527(+)
220664.PFL_3672(+)
220664.PFL_3679(+)
220664.PFL_5535(+)
220664.PFL_3841(+)
220664.PFL_3503(+)
220664.PFL_3464(+)
220664.PFL_5702(+)
220664.PFL_5705(+)
220664.PFL_3901(+)
220664.PFL_4032(+)
220664.PFL_3071(+)
220664.PFL_1503(+)
220664.PFL_3614(+)
220664.PFL_3615(+)
220664.PFL_2886(+)
220664.PFL_2887(+)
220664.PFL_2894(+)
220664.PFL_5725(+)
220664.PFL_4581(+)
220664.PFL_4131(+)
220664.PFL_0344(+)
220664.PFL_2278(+)
220664.PFL_3056(+)
220664.PFL_3583(+)
220664.PFL_2181(+)
220664.PFL_3634(+)
220664.PFL_2747(+)
220664.PFL_1982(+)
220664.PFL_1980(+)
220664.PFL_5547(+)
220664.PFL_1363(+)
220664.PFL_1361(+)
220664.PFL_3803(+)
220664.PFL_1772(+)
220664.PFL_2048(+)
220664.PFL_2049(+)
220664.PFL_6205(+)
220664.PFL_5895(+)
220664.PFL_3747(+)
220664.PFL_2550(+)
220664.PFL_2553(+)
220664.PFL_6015(+)
220664.PFL_6014(+)
220664.PFL_5408(+)
220664.PFL_0554(+)
220664.PFL_6225(+)
220664.PFL_3776(+)
220664.PFL_0977(+)
220664.PFL_0309(+)
220664.PFL_3010(+)
220664.PFL_0893(+)
220664.PFL_6079(+)
220664.PFL_1322(+)
220664.PFL_1320(+)
220664.PFL_4328(+)
220664.PFL_1660(+)
220664.PFL_0953(+)
220664.PFL_5342(+)
220664.PFL_0323(+)
220664.PFL_3980(+)
220664.PFL_1051(+)
220664.PFL_5974(+)
220664.PFL_2615(+)
220664.PFL_6058(+)
220664.PFL_1870(+)
220664.PFL_4348(+)
220664.PFL_6266(+)
220664.PFL_1640(+)
220664.PFL_5360(+)
220664.PFL_1073(+)
220664.PFL_0852(+)
220664.PFL_2634(+)
220664.PFL_1810(+)
220664.PFL_4366(+)
220664.PFL_5414(+)
220664.PFL_3215(+)
220664.PFL_4536(+)
220664.PFL_4530(+)
220664.PFL_4949(+)
220664.PFL_4941(+)
220664.PFL_5014(+)
220664.PFL_5010(+)
220664.PFL_0720(+)
220664.PFL_0876(+)
220664.PFL_2653(+)
220664.PFL_4751(+)
220664.PFL_4715(+)
220664.PFL_5445(+)
220664.PFL_5442(+)not used
220664.PFL_2454(+)
220664.PFL_2452(+)
220664.PFL_3262(+)
220664.PFL_5199(+)
220664.PFL_5198(+)
220664.PFL_5193(+)
220664.PFL_5192(+)
220664.PFL_2410(+)
220664.PFL_0746(+)
220664.PFL_3108(+)
220664.PFL_4151(+)
220664.PFL_4902(+)
220664.PFL_2083(+)
220664.PFL_4220(+)
220664.PFL_2690(+)
220664.PFL_0837(+)
220664.PFL_1415(+)
220664.PFL_3128(+)
220664.PFL_5425(+)
220664.PFL_4804(+)
220664.PFL_0229(+)
220664.PFL_0225(+)
220664.PFL_1176(+)
220664.PFL_4677(+)
220664.PFL_3927(+)
220664.PFL_3920(+)
220664.PFL_3140(+)
220664.PFL_3141(+)
220664.PFL_5429(+)
220664.PFL_0146(+)
220664.PFL_5861(+)
220664.PFL_5737(+)
220664.PFL_0203(+)
220664.PFL_5732(+)
220664.PFL_1233+
220664.PFL_2154(+)
220664.PFL_2150(+)
220664.PFL_5655(+)
220664.PFL_4268(+)
220664.PFL_4263(+)
220664.PFL_1455(+)
220664.PFL_3167(+)
220664.PFL_2950(+)
220664.PFL_2953(+)
220664.PFL_2790(+)
220664.PFL_2174(+)
220664.PFL_0434(+)
220664.PFL_2368(+)
220664.PFL_2361(+)
220664.PFL_1478(+)
220664.PFL_2585(+)
220664.PFL_5297(+)
220664.PFL_0989(+)
220664.PFL_0988(+)
220664.PFL_0983(+)
220664.PFL_5435(+)
220664.PFL_4512(+)
220664.PFL_2975(+)
220664.PFL_1273(+)
220664.PFL_4186(+)
220664.PFL_2771(+)
220664.PFL_0307(+)
220664.PFL_2348(+)
220664.PFL_4424(+)
220664.PFL_0414(+)
220664.PFL_2287(+)
220664.PFL_0669(+)
220664.PFL_2132(+)
220664.PFL_4364(+)
220664.PFL_1536(+)
220664.PFL_3663(+)
220664.PFL_4391(+)
220664.PFL_5846(+)
220664.PFL_5710(+)
220664.PFL_6167(+)
220664.PFL_5957+
220664.PFL_3552(+)
220664.PFL_4007(+)
220664.PFL_4003(+)
220664.PFL_0399(+)
220664.PFL_2731(+)
220664.PFL_3062(+)
220664.PFL_1519(+)
220664.PFL_3606(+)
220664.PFL_1356(+)
220664.PFL_3856(+)
220664.PFL_1722(+)
220664.PFL_3478(+)
220664.PFL_0920(+)
220664.PFL_5867(+)
220664.PFL_1293(+)
220664.PFL_4129(+)
220664.PFL_4125(+)
220664.PFL_5298(+)
220664.PFL_5299(+)
220664.PFL_5291(+)
220664.PFL_5294(+)
220664.PFL_1572(+)
220664.PFL_2877(+)
220664.PFL_5085(+)
220664.PFL_0561(+)
220664.PFL_2504(+)
220664.PFL_2503(+)
220664.PFL_3456(+)
220664.PFL_0906(+)
220664.PFL_2189(+)
220664.PFL_3454(+)
220664.PFL_1395(+)
220664.PFL_1080(+)
220664.PFL_2264(+)
220664.PFL_2261(+)
220664.PFL_1559(+)
220664.PFL_1554(+)
220664.PFL_1310(+)
220664.PFL_2039(+)
220664.PFL_2038(+)
220664.PFL_6232(+)
220664.PFL_4063(+)
220664.PFL_4060(+)
220664.PFL_5331(+)
220664.PFL_0374(+)
220664.PFL_2207(+)
220664.PFL_5927(+)
220664.PFL_6000(+)
220664.PFL_1848(+)not used
220664.PFL_4311(+)
220664.PFL_4868(+)
220664.PFL_2438(+)
220664.PFL_2547(+)
220664.PFL_0351(+)
220664.PFL_4574(+)not used
220664.PFL_3961(+)
220664.PFL_2227(+)
220664.PFL_3578(+)
220664.PFL_2486(+)
220664.PFL_2481(+)
220664.PFL_6067(+)
220664.PFL_0086(+)
220664.PFL_4749(+)not used
220664.PFL_3227(+)
220664.PFL_2511(+)
220664.PFL_2568(+)
220664.PFL_1678(+)
220664.PFL_0338(+)
220664.PFL_3514(+)
220664.PFL_6041(+)
220664.PFL_1802(+)
220664.PFL_3724(+)
220664.PFL_3725(+)
220664.PFL_0712(+)
220664.PFL_5945(+)
220664.PFL_0984(+)
220664.PFL_4374(+)
220664.PFL_0270(+)
220664.PFL_5020(+)
220664.PFL_5025(+)
220664.PFL_5024(+)
220664.PFL_0360(+)
220664.PFL_4546(+)
220664.PFL_0188(+)
220664.PFL_1632(+)
220664.PFL_3256(+)
220664.PFL_6088(+)
220664.PFL_1025(+)
220664.PFL_4446(+)
220664.PFL_1022(+)
220664.PFL_0050(+)
220664.PFL_0480(+)
220664.PFL_2394(+)not used
220664.PFL_0733(+)
220664.PFL_0730(+)
220664.PFL_2641(+)
220664.PFL_2647(+)
220664.PFL_6082(+)
220664.PFL_4490(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 0.4 (4/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
    Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 1.5 (12/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================