Effective results for Holdemania filiformis DSM 12042 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 325
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 36 eukaryotic-like domains, contained in 325 proteins (121 high, 204 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
545696.HOLDEFILI_00133(PF08279) (PF00359)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_00458(PF08279) (PF00359)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_01601PF13580ER
545696.HOLDEFILI_03977PF08282mitochondrial
545696.HOLDEFILI_00176PF00890ER
545696.HOLDEFILI_02821PF00890ER
545696.HOLDEFILI_00549PF00890ER; (ER)
545696.HOLDEFILI_02546(PF02368)ER
545696.HOLDEFILI_00612(PF08279)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_00166PF00890ER
545696.HOLDEFILI_04044(PF00232)(ER)
545696.HOLDEFILI_00379PF00890ER
545696.HOLDEFILI_00282(PF08279)ER
545696.HOLDEFILI_00754PF00890ER
545696.HOLDEFILI_03005PF00890ER
545696.HOLDEFILI_02283(PF01554)(ER); ER
545696.HOLDEFILI_02844PF00890ER
545696.HOLDEFILI_03720(PF00367)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_01186(PF01554)ER
545696.HOLDEFILI_00033(PF02368)ER
545696.HOLDEFILI_02351(PF01554)ER
545696.HOLDEFILI_03201(PF01554)ER
545696.HOLDEFILI_00820(PF01554)ER
545696.HOLDEFILI_00918PF00890ER
545696.HOLDEFILI_01202PF00890ER
545696.HOLDEFILI_04034PF00890ER
545696.HOLDEFILI_02881PF00890ER
545696.HOLDEFILI_02507PF00890ER
545696.HOLDEFILI_02255(PF01554)ER
545696.HOLDEFILI_00487PF00890ER
545696.HOLDEFILI_02222(PF03959)ER
545696.HOLDEFILI_01221PF00890ER
545696.HOLDEFILI_04117(PF13238)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_04111PF00890ER
545696.HOLDEFILI_00068(PF01554)ER
545696.HOLDEFILI_00675PF00890ER
545696.HOLDEFILI_01320PF00890ER
545696.HOLDEFILI_00810PF00890ER
545696.HOLDEFILI_03891(PF01554)ER
545696.HOLDEFILI_03413PF00890(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_01337PF00890ER
545696.HOLDEFILI_00040(PF00232)(ER)
545696.HOLDEFILI_02930(PF13173)ER
545696.HOLDEFILI_00279(PF02368)ER
545696.HOLDEFILI_01906(PF02368)ER
545696.HOLDEFILI_02329(PF01554)mitochondrial
545696.HOLDEFILI_02592(PF02368)ER
545696.HOLDEFILI_01487PF00890ER
545696.HOLDEFILI_00500(PF00359)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_03745(PF08279)ER
545696.HOLDEFILI_02340(PF02368)ER
545696.HOLDEFILI_00729(PF02368)ER
545696.HOLDEFILI_03980(PF11070)ER
545696.HOLDEFILI_00536PF08282mitochondrial
545696.HOLDEFILI_02804PF00890ER
545696.HOLDEFILI_02802PF00890ER
545696.HOLDEFILI_03381(PF13173)(mitochondrial); mitochondrial
545696.HOLDEFILI_01128PF00890ER
545696.HOLDEFILI_02388(PF13173)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_00894PF00890ER
545696.HOLDEFILI_02819PF00890ER
545696.HOLDEFILI_02637(PF01979)mitochondrial
545696.HOLDEFILI_02632(PF01979)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_02639(PF00367)(ER); ER
545696.HOLDEFILI_00776(PF01554)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_00769PF07171 PF07364
545696.HOLDEFILI_00768PF07171 PF07364
545696.HOLDEFILI_00765PF07171 PF07364
545696.HOLDEFILI_00767PF07171 PF07364
545696.HOLDEFILI_02378PF07171 PF07364
545696.HOLDEFILI_00286(PF01979)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_03009PF00890(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_00622(PF08279)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_01153(PF05063)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_01710(PF01554)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_00023(PF08279)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_00588(PF01554)(ER)
545696.HOLDEFILI_01204(PF13173)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_02472(PF08279)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_02403(PF05063)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_01353(PF02421)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_00785PF07171 PF07364
545696.HOLDEFILI_00784PF07171 PF07364
545696.HOLDEFILI_00789PF07171 PF07364
545696.HOLDEFILI_00865PF00890(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_01054PF07171 PF07364
545696.HOLDEFILI_00275(PF08279) (PF00359)
545696.HOLDEFILI_01018(PF01554)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_01496(PF08279) (PF00359)
545696.HOLDEFILI_02728(PF13597)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_00058(PF08279) (PF00359)
545696.HOLDEFILI_03163(PF01979)(ER)
545696.HOLDEFILI_02902(PF08279) (PF00359)
545696.HOLDEFILI_02375PF07171 PF07364
545696.HOLDEFILI_02381PF07171 PF07364
545696.HOLDEFILI_02380PF07171 PF07364
545696.HOLDEFILI_02383PF07171 PF07364
545696.HOLDEFILI_02382PF07171 PF07364
545696.HOLDEFILI_00097(PF08279) (PF00359)
545696.HOLDEFILI_01048PF08282
545696.HOLDEFILI_00602(PF08279)
545696.HOLDEFILI_03154(PF01979)
545696.HOLDEFILI_01557PF08282
545696.HOLDEFILI_02043(PF00232)
545696.HOLDEFILI_02955PF08282
545696.HOLDEFILI_02820PF00890
545696.HOLDEFILI_04079PF08282
545696.HOLDEFILI_02735(PF03630)
545696.HOLDEFILI_00387(PF01979)
545696.HOLDEFILI_01893PF00890
545696.HOLDEFILI_02541PF00890
545696.HOLDEFILI_02548PF00890
545696.HOLDEFILI_00761(PF00232)
545696.HOLDEFILI_00760(PF00232)
545696.HOLDEFILI_00763PF07171not used
545696.HOLDEFILI_00762(PF00232)
545696.HOLDEFILI_00764PF07364
545696.HOLDEFILI_03010(PF01554)
545696.HOLDEFILI_00610(PF01554)
545696.HOLDEFILI_00619(PF01784)
545696.HOLDEFILI_01631(PF00367)
545696.HOLDEFILI_01633(PF01979)
545696.HOLDEFILI_00948(PF01979)
545696.HOLDEFILI_03237PF13580
545696.HOLDEFILI_03234PF13580
545696.HOLDEFILI_03235PF13580
545696.HOLDEFILI_01090PF08282
545696.HOLDEFILI_01092PF08282
545696.HOLDEFILI_03948(PF04326)
545696.HOLDEFILI_03945PF00890
545696.HOLDEFILI_02944PF00890
545696.HOLDEFILI_04042(PF00232)
545696.HOLDEFILI_04043(PF00232)
545696.HOLDEFILI_04046(PF08279)
545696.HOLDEFILI_04047(PF00359)
545696.HOLDEFILI_02727(PF01979)not used
545696.HOLDEFILI_02726(PF01979)
545696.HOLDEFILI_01888(PF00359)
545696.HOLDEFILI_00288(PF04794)
545696.HOLDEFILI_00281(PF01554)
545696.HOLDEFILI_00287(PF01979)
545696.HOLDEFILI_02534PF13580
545696.HOLDEFILI_00592(PF01554)
545696.HOLDEFILI_00620PF08282
545696.HOLDEFILI_01397PF08282
545696.HOLDEFILI_01402(PF01979)
545696.HOLDEFILI_01405PF08282
545696.HOLDEFILI_01404(PF01979)
545696.HOLDEFILI_01159PF02519not used
545696.HOLDEFILI_04222(PF01554)
545696.HOLDEFILI_02065(PF12002)
545696.HOLDEFILI_01082(PF01116)
545696.HOLDEFILI_03959(PF00367)
545696.HOLDEFILI_03487(PF08279)
545696.HOLDEFILI_00026PF08282
545696.HOLDEFILI_00561(PF01554)
545696.HOLDEFILI_03726(PF16889)
545696.HOLDEFILI_00294(PF04326)
545696.HOLDEFILI_01985(PF09811)not used
545696.HOLDEFILI_00741(PF01979)
545696.HOLDEFILI_00740(PF13173)
545696.HOLDEFILI_00632(PF01554)
545696.HOLDEFILI_00630(PF04734)
545696.HOLDEFILI_03214PF13580
545696.HOLDEFILI_01500(PF01116)
545696.HOLDEFILI_01501(PF13173)
545696.HOLDEFILI_01217(PF00232)
545696.HOLDEFILI_01210(PF02421)
545696.HOLDEFILI_01218(PF00367)
545696.HOLDEFILI_04119(PF04794)
545696.HOLDEFILI_00108PF00890
545696.HOLDEFILI_03851PF00890
545696.HOLDEFILI_00032(PF02368)not used
545696.HOLDEFILI_00039PF08282
545696.HOLDEFILI_00647(PF04794)
545696.HOLDEFILI_00644(PF01979)
545696.HOLDEFILI_02463(PF00232)
545696.HOLDEFILI_02464(PF04794)
545696.HOLDEFILI_01772PF13580
545696.HOLDEFILI_00917PF00890
545696.HOLDEFILI_00914(PF16889)
545696.HOLDEFILI_02086PF00890
545696.HOLDEFILI_02085PF08282
545696.HOLDEFILI_03937(PF01979)
545696.HOLDEFILI_03939(PF01554)
545696.HOLDEFILI_04037PF08282
545696.HOLDEFILI_00341PF13580
545696.HOLDEFILI_02886PF08282
545696.HOLDEFILI_02474PF13580
545696.HOLDEFILI_02473(PF00359)not used
545696.HOLDEFILI_00904PF08282
545696.HOLDEFILI_02253(PF01979)
545696.HOLDEFILI_01237(PF00359)
545696.HOLDEFILI_01238(PF00359)not used
545696.HOLDEFILI_00128PF13580
545696.HOLDEFILI_02173(PF00232)
545696.HOLDEFILI_04007PF08282
545696.HOLDEFILI_02176(PF00367)
545696.HOLDEFILI_03876(PF08279)
545696.HOLDEFILI_03870(PF04794)
545696.HOLDEFILI_00338(PF04734)
545696.HOLDEFILI_02652(PF01979)
545696.HOLDEFILI_02651(PF12646)
545696.HOLDEFILI_02654(PF13597)not used
545696.HOLDEFILI_00247(PF01784)
545696.HOLDEFILI_03681PF08282
545696.HOLDEFILI_00790(PF00367)
545696.HOLDEFILI_00468(PF01979)
545696.HOLDEFILI_00469(PF01979)
545696.HOLDEFILI_00662(PF01554)
545696.HOLDEFILI_02319PF08282
545696.HOLDEFILI_01531(PF00232)
545696.HOLDEFILI_01530(PF00367)
545696.HOLDEFILI_00802(PF01554)
545696.HOLDEFILI_03319(PF05063)
545696.HOLDEFILI_02224(PF12002)
545696.HOLDEFILI_03911(PF00958)
545696.HOLDEFILI_02131PF08282
545696.HOLDEFILI_04017(PF01979)
545696.HOLDEFILI_04015PF00890
545696.HOLDEFILI_04014PF00890not used
545696.HOLDEFILI_03869(PF01979)
545696.HOLDEFILI_00066PF12873
545696.HOLDEFILI_00783PF07364
545696.HOLDEFILI_01815(PF01979)
545696.HOLDEFILI_01817(PF01979)
545696.HOLDEFILI_01818PF08282
545696.HOLDEFILI_00679(PF08279)
545696.HOLDEFILI_02308(PF13173)
545696.HOLDEFILI_03252PF13580
545696.HOLDEFILI_02307PF08282not used
545696.HOLDEFILI_02301PF08282
545696.HOLDEFILI_01786PF13151
545696.HOLDEFILI_01033(PF00367)
545696.HOLDEFILI_01030PF00890
545696.HOLDEFILI_01031(PF00232)
545696.HOLDEFILI_00929(PF00367)
545696.HOLDEFILI_00928(PF00232)
545696.HOLDEFILI_00813PF13580
545696.HOLDEFILI_00313(PF04326)
545696.HOLDEFILI_04200(PF13597)
545696.HOLDEFILI_03667(PF01991)
545696.HOLDEFILI_00687(PF01554)
545696.HOLDEFILI_01335(PF02421)
545696.HOLDEFILI_03081(PF04326)
545696.HOLDEFILI_02335(PF01554)
545696.HOLDEFILI_01791PF08282
545696.HOLDEFILI_02206(PF01979)
545696.HOLDEFILI_00046PF00890
545696.HOLDEFILI_00043(PF00367)
545696.HOLDEFILI_03886PF00890
545696.HOLDEFILI_03404(PF02873)
545696.HOLDEFILI_00276(PF00359)
545696.HOLDEFILI_00274(PF01116)
545696.HOLDEFILI_04213(PF01979)
545696.HOLDEFILI_04212(PF01979)
545696.HOLDEFILI_01874(PF00359)not used
545696.HOLDEFILI_00459(PF00359)
545696.HOLDEFILI_00699PF13151
545696.HOLDEFILI_02322PF08282
545696.HOLDEFILI_02320PF08282
545696.HOLDEFILI_01301(PF12002)
545696.HOLDEFILI_01497(PF00359)
545696.HOLDEFILI_02100(PF01979)
545696.HOLDEFILI_04178(PF01554)
545696.HOLDEFILI_00054(PF00232)
545696.HOLDEFILI_00201(PF08279)
545696.HOLDEFILI_00206(PF01979)
545696.HOLDEFILI_03644(PF02421)
545696.HOLDEFILI_01864(PF11074)
545696.HOLDEFILI_00427PF08282
545696.HOLDEFILI_02350(PF01554)
545696.HOLDEFILI_01641(PF13173)
545696.HOLDEFILI_02590(PF02368)not used
545696.HOLDEFILI_02591(PF02368)not used
545696.HOLDEFILI_01489PF00890
545696.HOLDEFILI_00997(PF00367)
545696.HOLDEFILI_00995(PF01116)
545696.HOLDEFILI_01263(PF01116)
545696.HOLDEFILI_00844(PF00359)
545696.HOLDEFILI_00845(PF08279)
545696.HOLDEFILI_00840(PF01116)
545696.HOLDEFILI_03428PF08282
545696.HOLDEFILI_00217PF00890
545696.HOLDEFILI_04236PF08282
545696.HOLDEFILI_03636(PF00958)
545696.HOLDEFILI_00431PF08282
545696.HOLDEFILI_00721(PF01554)
545696.HOLDEFILI_03162(PF01979)
545696.HOLDEFILI_00980PF08282
545696.HOLDEFILI_00986(PF00359)
545696.HOLDEFILI_01296PF08282
545696.HOLDEFILI_02161(PF00232)not used
545696.HOLDEFILI_02163(PF00367)
545696.HOLDEFILI_02162(PF00232)
545696.HOLDEFILI_02165PF13580
545696.HOLDEFILI_02906(PF01554)
545696.HOLDEFILI_02905(PF00232)
545696.HOLDEFILI_03562(PF00232)
545696.HOLDEFILI_03625(PF01979)
545696.HOLDEFILI_01843PF08282
545696.HOLDEFILI_00533(PF00232)
545696.HOLDEFILI_01939(PF02873)
545696.HOLDEFILI_00713(PF01784)
545696.HOLDEFILI_01289PF13151
545696.HOLDEFILI_00088PF00890
545696.HOLDEFILI_00782PF07171not used
545696.HOLDEFILI_02711PF00890
545696.HOLDEFILI_01050(PF00367)
545696.HOLDEFILI_01051(PF00232)
545696.HOLDEFILI_01721(PF01554)
545696.HOLDEFILI_02493(PF02368)
545696.HOLDEFILI_02497(PF08279)
545696.HOLDEFILI_03389(PF13238)
545696.HOLDEFILI_02384(PF00367)
545696.HOLDEFILI_02039(PF08279)
545696.HOLDEFILI_00093(PF00232)
545696.HOLDEFILI_03549(PF13238)
545696.HOLDEFILI_04068(PF13173)
545696.HOLDEFILI_00555(PF01554)
545696.HOLDEFILI_02708PF08282
545696.HOLDEFILI_02707PF08282not used
545696.HOLDEFILI_00778(PF00232)
545696.HOLDEFILI_00779(PF00232)
545696.HOLDEFILI_00775PF08282

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: NO (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: N.D.
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: N.D.

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================