Effective results for Burkholderia sp. CCGE1001 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 982
- Predicted by EffectiveT3: 328 (high confidence), 443 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 41 within, 4 before, 48 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 133
- Predicted by EffectiveELD: 15 eukaryotic-like domains, contained in 48 proteins (2 high, 46 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type III, (Type IV), Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
640510.BC1001_2790+(ER)
640510.BC1001_1820++ER
640510.BC1001_2372+ER
640510.BC1001_6059+(mitochondrial)
640510.BC1001_4140+(ER)
640510.BC1001_2842(PF13436)ER
640510.BC1001_2848+(mitochondrial)
640510.BC1001_3085(>)(mitochondrial)
640510.BC1001_0978+ER
640510.BC1001_6008(PF03659)ER
640510.BC1001_3849+(ER)
640510.BC1001_3153+ER
640510.BC1001_2795+(mitochondrial); (plastid)
640510.BC1001_0915(PF14347)mitochondrial
640510.BC1001_1047(>)ER
640510.BC1001_2182+(mitochondrial)
640510.BC1001_1511+ER
640510.BC1001_0256+ER
640510.BC1001_1065+ER
640510.BC1001_0358+(mitochondrial)
640510.BC1001_3072+(mitochondrial)
640510.BC1001_4502+ER
640510.BC1001_1961+ER
640510.BC1001_3200+(ER)
640510.BC1001_4928+ER
640510.BC1001_5260+(ER)
640510.BC1001_2971(>)ER
640510.BC1001_0472(>)ER
640510.BC1001_4967+(mitochondrial)
640510.BC1001_5762(PF07519)ER
640510.BC1001_2239+ER
640510.BC1001_0493+mitochondrial; (mitochondrial)
640510.BC1001_1865(>)(ER)
640510.BC1001_1646+ER
640510.BC1001_3567(>)(ER); (mitochondrial)
640510.BC1001_0517+ER
640510.BC1001_0872+(ER)
640510.BC1001_0692+mitochondrial; (mitochondrial)
640510.BC1001_1124+(mitochondrial); plastid
640510.BC1001_1003+ER
640510.BC1001_5662(>)(ER)
640510.BC1001_4620(>)ER
640510.BC1001_5783+(mitochondrial); plastid
640510.BC1001_5503(PF01566)ER
640510.BC1001_0547(PF01075)(ER)
640510.BC1001_0544(PF07519)(ER)
640510.BC1001_3256+(mitochondrial)
640510.BC1001_3315+ER; (mitochondrial)
640510.BC1001_5434+(ER)
640510.BC1001_0676(>)(mitochondrial); mitochondrial
640510.BC1001_3594+ER
640510.BC1001_5474+ER
640510.BC1001_2317+ER; (ER)
640510.BC1001_1290(>)ER
640510.BC1001_3727+ER
640510.BC1001_3725+mitochondrial
640510.BC1001_2095+ER
640510.BC1001_2675+(ER)
640510.BC1001_1018+(mitochondrial); (plastid)
640510.BC1001_5813+ER
640510.BC1001_4853+(mitochondrial)
640510.BC1001_4703+(ER); (mitochondrial)
640510.BC1001_2917+ER
640510.BC1001_3187+ER
640510.BC1001_3180+(mitochondrial)
640510.BC1001_3988+ER
640510.BC1001_5851+ER
640510.BC1001_5316+ER
640510.BC1001_5794(>)ER
640510.BC1001_5792+ER
640510.BC1001_2930(PF01075)mitochondrial
640510.BC1001_5073+ER
640510.BC1001_5169(PF07519)ER
640510.BC1001_1219+ER
640510.BC1001_5683+ER
640510.BC1001_0305+mitochondrial; plastid
640510.BC1001_3022+ER
640510.BC1001_3232+(ER)
640510.BC1001_3940+mitochondrial
640510.BC1001_0123(PF15984)ER
640510.BC1001_4594(PF14347)ER
640510.BC1001_5194+ER
640510.BC1001_0715+mitochondrial
640510.BC1001_4448+mitochondrial; (mitochondrial)
640510.BC1001_4076+(plastid)
640510.BC1001_4073(PF01075)(mitochondrial)
640510.BC1001_4634(+)(mitochondrial); (plastid)
640510.BC1001_2844(+)(ER)
640510.BC1001_0736(+)mitochondrial; (mitochondrial)
640510.BC1001_4995(PF01566)(ER)
640510.BC1001_3427+(mitochondrial)
640510.BC1001_2268+plastid
640510.BC1001_5536+(plastid)
640510.BC1001_4673++
640510.BC1001_3458++
640510.BC1001_0231+(plastid)
640510.BC1001_3154(+)(mitochondrial)
640510.BC1001_4653+(plastid)
640510.BC1001_4229(+)ER
640510.BC1001_2160+(plastid)
640510.BC1001_0582+(mitochondrial)
640510.BC1001_0587(>)(ER)
640510.BC1001_3393++
640510.BC1001_3397++
640510.BC1001_6019++
640510.BC1001_4464(>)(PF01566)
640510.BC1001_3348+(PF01075)
640510.BC1001_2349+plastid
640510.BC1001_2341(+)(mitochondrial)
640510.BC1001_3747+(mitochondrial)
640510.BC1001_4488+(ER)
640510.BC1001_3743++
640510.BC1001_2666(+)(mitochondrial)
640510.BC1001_5367(>)(PF12588)
640510.BC1001_1280(+)(ER)
640510.BC1001_2438+(ER)
640510.BC1001_5428(+)ER; (ER)
640510.BC1001_1794++
640510.BC1001_5357(PF01075)(mitochondrial)
640510.BC1001_1497(+)ER
640510.BC1001_1498PF04916 PF15508
640510.BC1001_4737(+)+(mitochondrial)
640510.BC1001_1744(+)(mitochondrial)
640510.BC1001_2626+(plastid)
640510.BC1001_0976(+)mitochondrial; (mitochondrial)
640510.BC1001_5221++
640510.BC1001_1227+plastid
640510.BC1001_4133+(PF01566)
640510.BC1001_0178(+)(mitochondrial)
640510.BC1001_3521(<)+
640510.BC1001_5064+plastid
640510.BC1001_0787+(plastid)
640510.BC1001_1061(+)mitochondrial
640510.BC1001_2893+(plastid)
640510.BC1001_3223+(plastid)
640510.BC1001_3959+(>)
640510.BC1001_0862+(plastid)
640510.BC1001_5760+(plastid)
640510.BC1001_0112+(plastid)
640510.BC1001_5517+(plastid)
640510.BC1001_5371+(ER)
640510.BC1001_3915(+)(ER); (mitochondrial)
640510.BC1001_3914(PF07519)(ER)
640510.BC1001_1017(+)ER
640510.BC1001_3641++
640510.BC1001_1398+(PF15984)
640510.BC1001_1139+(mitochondrial)
640510.BC1001_4603(+)(PF06779)(plastid)
640510.BC1001_3681(+)mitochondrial; plastid
640510.BC1001_4419+(mitochondrial)
640510.BC1001_1171(+)mitochondrial; (mitochondrial)
640510.BC1001_0226(+)mitochondrial; (mitochondrial)
640510.BC1001_4646+(mitochondrial)
640510.BC1001_5817(+)mitochondrial
640510.BC1001_5780(+)(mitochondrial); plastid
640510.BC1001_2194+(ER)
640510.BC1001_0046+(mitochondrial)
640510.BC1001_3769(+)(ER)
640510.BC1001_0901(+)mitochondrial
640510.BC1001_3046+plastid
640510.BC1001_1920+(plastid)
640510.BC1001_3376+(plastid)
640510.BC1001_2425+(plastid)
640510.BC1001_1193+(plastid)
640510.BC1001_0244+(mitochondrial)
640510.BC1001_4562+(PF15984)
640510.BC1001_4564+(plastid)
640510.BC1001_5784+(mitochondrial)
640510.BC1001_1481+(plastid)
640510.BC1001_5171++
640510.BC1001_2075(+)(ER)
640510.BC1001_4050+(mitochondrial)
640510.BC1001_1939+(plastid)
640510.BC1001_3431+(plastid)
640510.BC1001_3275(+)mitochondrial; (mitochondrial)
640510.BC1001_2057+
640510.BC1001_1799(+)mitochondrial; (mitochondrial)
640510.BC1001_1091(+)(ER)
640510.BC1001_1583+(>)
640510.BC1001_3432+(plastid)
640510.BC1001_5969+(ER)
640510.BC1001_5341(+)mitochondrial; (mitochondrial)
640510.BC1001_4951(+)(mitochondrial)
640510.BC1001_0818+(PF14521)
640510.BC1001_5947(+)(mitochondrial)
640510.BC1001_4169+(mitochondrial)
640510.BC1001_4449+(mitochondrial)
640510.BC1001_5925+
640510.BC1001_2261+
640510.BC1001_5547+
640510.BC1001_0732+
640510.BC1001_3414+
640510.BC1001_4991+
640510.BC1001_5402+
640510.BC1001_5483+
640510.BC1001_5155+
640510.BC1001_3675+
640510.BC1001_1819+
640510.BC1001_2109(+)(plastid)
640510.BC1001_5739+
640510.BC1001_4285+
640510.BC1001_4204+
640510.BC1001_0500+
640510.BC1001_5902+
640510.BC1001_3089+
640510.BC1001_3086+
640510.BC1001_3881+
640510.BC1001_2827+
640510.BC1001_6036+
640510.BC1001_5496+
640510.BC1001_5493+
640510.BC1001_5136+
640510.BC1001_3691(>)
640510.BC1001_2262+
640510.BC1001_1697+
640510.BC1001_0566+
640510.BC1001_2806(+)(mitochondrial)
640510.BC1001_4678(+)(>)
640510.BC1001_0774+
640510.BC1001_4094+
640510.BC1001_4098(+)+
640510.BC1001_4459(+)(PF01566)
640510.BC1001_2326+
640510.BC1001_2143(>)
640510.BC1001_4248+
640510.BC1001_0238+
640510.BC1001_0549+
640510.BC1001_3842+
640510.BC1001_2799+
640510.BC1001_4659+
640510.BC1001_4656+
640510.BC1001_0930+
640510.BC1001_1556+
640510.BC1001_5882+
640510.BC1001_1787(>)
640510.BC1001_5462+
640510.BC1001_2300+
640510.BC1001_2304(PF00456)
640510.BC1001_4226(+)(plastid)
640510.BC1001_4221(>)
640510.BC1001_5615(+)(ER)
640510.BC1001_4210(+)(plastid)
640510.BC1001_5633+
640510.BC1001_0916+
640510.BC1001_1530+
640510.BC1001_0668+
640510.BC1001_3364+
640510.BC1001_3586+
640510.BC1001_4806+
640510.BC1001_2273+
640510.BC1001_1983(+)(ER)
640510.BC1001_2183+
640510.BC1001_0054+
640510.BC1001_0275+
640510.BC1001_0277+
640510.BC1001_5981+
640510.BC1001_3015(PF01075)
640510.BC1001_6010(>)
640510.BC1001_0648+
640510.BC1001_5272+
640510.BC1001_2774+
640510.BC1001_3744+
640510.BC1001_0076(+)(plastid)
640510.BC1001_4480+
640510.BC1001_4402+
640510.BC1001_4922+
640510.BC1001_3753+
640510.BC1001_3754+
640510.BC1001_3136+
640510.BC1001_2662+
640510.BC1001_5360(PF01075)
640510.BC1001_1287+
640510.BC1001_1282(PF14521)
640510.BC1001_4546(>)
640510.BC1001_1064+
640510.BC1001_2117+
640510.BC1001_4805(+)(plastid)
640510.BC1001_1995+
640510.BC1001_2652(+)+
640510.BC1001_5002+
640510.BC1001_0018+
640510.BC1001_3562+
640510.BC1001_1494+
640510.BC1001_1721+
640510.BC1001_1722+
640510.BC1001_1723(>)
640510.BC1001_1729+
640510.BC1001_3737(<)
640510.BC1001_4026+
640510.BC1001_4033(+)(PF16155)
640510.BC1001_0600+
640510.BC1001_0609(+)(plastid)
640510.BC1001_2224+
640510.BC1001_3074+
640510.BC1001_3075+
640510.BC1001_2292(+)(>)
640510.BC1001_1928+
640510.BC1001_5026+
640510.BC1001_0039+
640510.BC1001_0031+
640510.BC1001_3247+
640510.BC1001_3497+
640510.BC1001_0998+
640510.BC1001_0993+
640510.BC1001_0192+
640510.BC1001_1114+
640510.BC1001_2203(+)(mitochondrial)
640510.BC1001_4886+
640510.BC1001_5262+
640510.BC1001_1904+
640510.BC1001_0410+
640510.BC1001_0416(+)(mitochondrial)
640510.BC1001_3190+
640510.BC1001_3199+
640510.BC1001_1221+
640510.BC1001_1223+
640510.BC1001_1229+
640510.BC1001_5695+
640510.BC1001_5696+
640510.BC1001_5697(>)
640510.BC1001_0179+
640510.BC1001_0171+
640510.BC1001_0176+
640510.BC1001_0177+
640510.BC1001_0148+
640510.BC1001_0312+
640510.BC1001_5845+
640510.BC1001_3034(PF00456)
640510.BC1001_2884+
640510.BC1001_0436(>)
640510.BC1001_1001(<)
640510.BC1001_0332+
640510.BC1001_2768+
640510.BC1001_2949(+)plastid
640510.BC1001_1948+
640510.BC1001_1946+
640510.BC1001_4685(+)(plastid)
640510.BC1001_4352(+)(plastid)
640510.BC1001_3958(PF00456)
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Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 1.2 (12/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
    Estimated copy number = 0.2 (2/10 KEGG proteins)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 1.875 (15/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================