Effective results for Legionella drancourtii LLAP12 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 289
- Predicted by T4SEpre: 277
- Predicted by EffectiveELD: 43 eukaryotic-like domains, contained in 99 proteins (29 high, 70 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type IV

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
658187.LDG_9064+PF07517(mitochondrial)
658187.LDG_8849+(PF00314)ER
658187.LDG_7957+(PF12796) PF00646 PF13606
658187.LDG_5869+ER
658187.LDG_7292+ER
658187.LDG_8689(PF00657)ER
658187.LDG_5058(PF00657)(mitochondrial)
658187.LDG_6350+ER; (ER)
658187.LDG_7032+(ER)
658187.LDG_7321(PF00657)ER
658187.LDG_8956+ER
658187.LDG_5335PF01222ER
658187.LDG_7658PF01150ER
658187.LDG_5224+mitochondrial; (mitochondrial)
658187.LDG_5600+(mitochondrial)
658187.LDG_7475+(ER)
658187.LDG_8471+ER
658187.LDG_8203+ER
658187.LDG_5376+ER
658187.LDG_8207+ER
658187.LDG_7116+(ER)
658187.LDG_5247(PF01764)(mitochondrial)
658187.LDG_9031+(mitochondrial)
658187.LDG_5540+ER
658187.LDG_7410+ER
658187.LDG_5381PF00617mitochondrial; (mitochondrial)
658187.LDG_5549+ER
658187.LDG_5941PF08123ER
658187.LDG_6628+(mitochondrial)
658187.LDG_6626(PF00657)ER
658187.LDG_7714+(mitochondrial); mitochondrial
658187.LDG_5440PF08123ER
658187.LDG_7564(PF09363) (PF09364) (PF03894)
658187.LDG_5637+(ER); plastid
658187.LDG_6178(PF13637)ER
658187.LDG_6176+ER; (ER)
658187.LDG_8966+ER; (ER)
658187.LDG_5046(PF09363) (PF09364) (PF03894)
658187.LDG_5513+(mitochondrial)
658187.LDG_6342+PF12340
658187.LDG_6988+(ER)
658187.LDG_6181+(ER)
658187.LDG_6407+(PF12796)
658187.LDG_8763+(mitochondrial)
658187.LDG_7312+PF07517
658187.LDG_7267(PF00119)(mitochondrial)
658187.LDG_6655+(plastid)
658187.LDG_8083+(PF12796)
658187.LDG_7874+(PF12796)
658187.LDG_7276(PF09363) (PF03894)
658187.LDG_7275(PF09364) (PF03894)
658187.LDG_6535+(mitochondrial)
658187.LDG_5927+PF07517
658187.LDG_5230+PF00621
658187.LDG_7185PF13606(ER)
658187.LDG_7522+PF05677
658187.LDG_5815(PF00119)(ER)
658187.LDG_5767+(ER)
658187.LDG_5387+(PF13637)
658187.LDG_6164+(ER)
658187.LDG_7707+(PF12796)
658187.LDG_6422(PF13637) (PF12796)
658187.LDG_6394+PF00617
658187.LDG_5735+PF08613
658187.LDG_5515(PF00119)(mitochondrial)
658187.LDG_8946+plastid
658187.LDG_5993+
658187.LDG_6965+
658187.LDG_6416(PF00023)
658187.LDG_6412+
658187.LDG_6419(PF00023)
658187.LDG_6418+
658187.LDG_6184+
658187.LDG_7164+
658187.LDG_7298PF03133
658187.LDG_8024+
658187.LDG_7765PF07517
658187.LDG_5726PF00646
658187.LDG_7580+
658187.LDG_7588+
658187.LDG_7835+
658187.LDG_7836(PF02933)
658187.LDG_8680+
658187.LDG_8759+
658187.LDG_7371+
658187.LDG_8977+
658187.LDG_6970(PF02823)
658187.LDG_5477+
658187.LDG_5473+
658187.LDG_5984+
658187.LDG_7114(PF06250)
658187.LDG_5662+
658187.LDG_8765+
658187.LDG_7246+
658187.LDG_5043+
658187.LDG_8949+
658187.LDG_8419+
658187.LDG_5068+
658187.LDG_7911+
658187.LDG_5882(PF01795)
658187.LDG_5881(PF01795)
658187.LDG_6691(PF14311)
658187.LDG_6694+
658187.LDG_6324+
658187.LDG_7736+
658187.LDG_6214+
658187.LDG_6948+
658187.LDG_7109+
658187.LDG_8252+
658187.LDG_6827+
658187.LDG_7951PF00617
658187.LDG_7632+
658187.LDG_5673+
658187.LDG_8957(PF01764)
658187.LDG_5071(PF01764)
658187.LDG_5271(PF00657)
658187.LDG_5842+
658187.LDG_5304+
658187.LDG_7311+
658187.LDG_6209+
658187.LDG_6029+
658187.LDG_7000+
658187.LDG_7009PF12340
658187.LDG_8145+
658187.LDG_7648(PF01764)
658187.LDG_7319(PF02873)
658187.LDG_7313(PF12796)
658187.LDG_7485+
658187.LDG_7867+
658187.LDG_7269(PF00213)
658187.LDG_7265(PF02823)
658187.LDG_9044+
658187.LDG_8437(PF13661)
658187.LDG_6782PF13606
658187.LDG_6233+
658187.LDG_6234+
658187.LDG_6011+
658187.LDG_6014+
658187.LDG_7344(PF00071)
658187.LDG_7010+
658187.LDG_7305+
658187.LDG_7490(PF06250)
658187.LDG_5654+
658187.LDG_7273(PF07831)
658187.LDG_5254+
658187.LDG_5787+
658187.LDG_8337(PF06250)
658187.LDG_5757PF00644
658187.LDG_5754+
658187.LDG_5751+
658187.LDG_5437+
658187.LDG_5320+
658187.LDG_5925+
658187.LDG_6006+
658187.LDG_8001+
658187.LDG_6316+
658187.LDG_5015+
658187.LDG_8520(PF02873)
658187.LDG_5225(PF06250)
658187.LDG_8858+
658187.LDG_5132+
658187.LDG_5152+
658187.LDG_5926+
658187.LDG_5912+
658187.LDG_6493+
658187.LDG_5709+
658187.LDG_7933+
658187.LDG_6674(PF12796)
658187.LDG_6676+
658187.LDG_6105(PF05761)
658187.LDG_8448PF10520
658187.LDG_6906+
658187.LDG_6904+
658187.LDG_5905+
658187.LDG_6246+
658187.LDG_6065+
658187.LDG_6667+
658187.LDG_7044+
658187.LDG_7046+
658187.LDG_7680+
658187.LDG_8250+
658187.LDG_8294+
658187.LDG_8293+
658187.LDG_8292+
658187.LDG_8501+
658187.LDG_8509+
658187.LDG_8058+
658187.LDG_5594+
658187.LDG_9016+
658187.LDG_9019+
658187.LDG_7649+
658187.LDG_5809+
658187.LDG_5804(PF11074)
658187.LDG_6613+
658187.LDG_7187+
658187.LDG_7233(PF13427)
658187.LDG_8392+
658187.LDG_8269+
658187.LDG_7523+
658187.LDG_8462+
658187.LDG_6868+
658187.LDG_6861(PF12796)
658187.LDG_6592PF07517
658187.LDG_6263+
658187.LDG_6911+
658187.LDG_6912+
658187.LDG_6460+
658187.LDG_6250+
658187.LDG_5817(PF00213)
658187.LDG_5813(PF02823)
658187.LDG_6600+
658187.LDG_6070+
658187.LDG_8071+
658187.LDG_8079+
658187.LDG_8078+
658187.LDG_7953+
658187.LDG_5778+
658187.LDG_8672+
658187.LDG_8023+
658187.LDG_6859+
658187.LDG_5558(PF00023)
658187.LDG_9038+
658187.LDG_9039(PF12796)
658187.LDG_5001PF05677
658187.LDG_9032(PF00071)
658187.LDG_6142+
658187.LDG_6146(PF06250)
658187.LDG_8069(PF09265)
658187.LDG_7727(PF12796)
658187.LDG_5768+
658187.LDG_5766(PF00094)
658187.LDG_5765+
658187.LDG_7543+
658187.LDG_5380(PF12796)
658187.LDG_5389+
658187.LDG_6934(PF13637)
658187.LDG_6930+
658187.LDG_6446+
658187.LDG_6444(PF00342)
658187.LDG_6442(PF00342)
658187.LDG_6443(PF00342)
658187.LDG_5836+
658187.LDG_8944+
658187.LDG_8640+
658187.LDG_8942+
658187.LDG_6713+
658187.LDG_7396+
658187.LDG_7403(PF07958)
658187.LDG_7402(PF12471)
658187.LDG_5069+
658187.LDG_8019+
658187.LDG_7713+
658187.LDG_7717+
658187.LDG_8126PF07517
658187.LDG_8836+
658187.LDG_5622+
658187.LDG_7983+
658187.LDG_5533+
658187.LDG_6946+
658187.LDG_6432+
658187.LDG_6657+
658187.LDG_7094+
658187.LDG_7093+
658187.LDG_8092+
658187.LDG_7709+
658187.LDG_7562(PF07831)
658187.LDG_8137+
658187.LDG_8131PF00646
658187.LDG_8693+
658187.LDG_5037(PF12796)
658187.LDG_5527(PF13427)
658187.LDG_6421PF00153
658187.LDG_5851(PF12796)
658187.LDG_5855+
658187.LDG_6773+
658187.LDG_8669+
658187.LDG_7171+
658187.LDG_7785+
658187.LDG_7771PF07517
658187.LDG_8581+
658187.LDG_5736+
658187.LDG_5045+
658187.LDG_5512+
658187.LDG_5605+
658187.LDG_8216+
658187.LDG_8968(PF07831)
658187.LDG_5518(PF00213)
658187.LDG_5044+
658187.LDG_7302+

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: NO (FDR = 12.5 %)
  • Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
    Estimated copy number = 1.2 (12/10 KEGG proteins)
  • Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================