Effective results for Pseudomonas fulva 12-X (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 553
- Predicted by EffectiveT3: 176 (high confidence), 238 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 17 within, 15 before, 37 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 71
- Predicted by EffectiveELD: 8 eukaryotic-like domains, contained in 20 proteins (0 high, 20 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type III, Type IV, Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
743720.Psefu_0990(<)ER
743720.Psefu_0194+(ER)
743720.Psefu_1796+ER
743720.Psefu_0677+mitochondrial
743720.Psefu_3236(>)ER
743720.Psefu_3658+ER
743720.Psefu_1138+ER
743720.Psefu_0445+ER
743720.Psefu_4383+ER
743720.Psefu_2131+(mitochondrial)
743720.Psefu_1532(>)(mitochondrial); (ER)
743720.Psefu_4272+(mitochondrial); mitochondrial
743720.Psefu_0494+ER; (ER)
743720.Psefu_1705(PF04303)(mitochondrial)
743720.Psefu_0747+mitochondrial
743720.Psefu_3679(>)(mitochondrial)
743720.Psefu_2072+(mitochondrial)
743720.Psefu_2078+ER
743720.Psefu_1666(>)ER
743720.Psefu_2646+ER
743720.Psefu_1519+ER
743720.Psefu_3283+ER
743720.Psefu_2515+ER
743720.Psefu_1031+ER
743720.Psefu_2412+ER
743720.Psefu_2677(<)ER
743720.Psefu_4127(>)ER
743720.Psefu_3099(>)ER
743720.Psefu_1341+ER
743720.Psefu_3444(PF06884)ER
743720.Psefu_1972+(ER)
743720.Psefu_0117+ER
743720.Psefu_0696(>)ER
743720.Psefu_2695(>)ER
743720.Psefu_0905+(mitochondrial)
743720.Psefu_1468+ER
743720.Psefu_1844+(ER)
743720.Psefu_0914+ER
743720.Psefu_2705+ER
743720.Psefu_1780(>)mitochondrial
743720.Psefu_1789+ER
743720.Psefu_3979+ER
743720.Psefu_1948(>)ER
743720.Psefu_1896+ER
743720.Psefu_3346+(mitochondrial); (plastid)
743720.Psefu_2744+ER
743720.Psefu_1813(>)mitochondrial
743720.Psefu_3944+ER
743720.Psefu_2945+ER
743720.Psefu_0541+ER
743720.Psefu_1144+ER
743720.Psefu_4384+ER
743720.Psefu_3549(<)ER
743720.Psefu_0637(>)(mitochondrial)
743720.Psefu_3816+ER
743720.Psefu_1321+ER
743720.Psefu_1130(PF03162)ER
743720.Psefu_1222+ER
743720.Psefu_0081(>)mitochondrial; (mitochondrial)
743720.Psefu_0327+ER; (ER)
743720.Psefu_3980+ER
743720.Psefu_3049(>)(ER); ER
743720.Psefu_1697+(ER)
743720.Psefu_2101+ER
743720.Psefu_2100+ER
743720.Psefu_3323(<)ER
743720.Psefu_1276+(ER); ER
743720.Psefu_2776+plastid
743720.Psefu_4439+plastid
743720.Psefu_4197+(plastid)
743720.Psefu_0292+(plastid)
743720.Psefu_1073(+)(mitochondrial)
743720.Psefu_4323+(ER)
743720.Psefu_1816(+)(mitochondrial)
743720.Psefu_4160(+)mitochondrial
743720.Psefu_1821+(plastid)
743720.Psefu_1531+(>)
743720.Psefu_0536+(<)
743720.Psefu_1703(PF04303)(mitochondrial)
743720.Psefu_2388(+)(mitochondrial)
743720.Psefu_3095+plastid
743720.Psefu_0870(+)(ER)
743720.Psefu_3677(>)(mitochondrial)
743720.Psefu_0011(+)ER
743720.Psefu_2862+(ER)
743720.Psefu_3843+(plastid)
743720.Psefu_3876+(ER)
743720.Psefu_3758+(mitochondrial)
743720.Psefu_4154+(plastid)
743720.Psefu_3101+(mitochondrial)
743720.Psefu_3105+plastid
743720.Psefu_0108+(plastid)
743720.Psefu_3721(+)(mitochondrial)
743720.Psefu_3019+(plastid)
743720.Psefu_0022+(>)
743720.Psefu_3832+plastid
743720.Psefu_2182(+)+(mitochondrial)
743720.Psefu_1567+plastid
743720.Psefu_0774(+)(mitochondrial); (plastid)
743720.Psefu_3023+plastid
743720.Psefu_1880(>)(mitochondrial)
743720.Psefu_0173++
743720.Psefu_3490+plastid
743720.Psefu_1434+(ER)
743720.Psefu_2333+(ER)
743720.Psefu_2442(+)(PF06945)(plastid)
743720.Psefu_0551(+)ER
743720.Psefu_4318+(plastid)
743720.Psefu_3018+(plastid)
743720.Psefu_4463+(plastid)
743720.Psefu_0405+(ER)
743720.Psefu_1681+(mitochondrial)
743720.Psefu_1467+(mitochondrial)
743720.Psefu_1101+(mitochondrial)
743720.Psefu_1864+plastid
743720.Psefu_2210+(plastid)
743720.Psefu_1124+(PF06293)
743720.Psefu_3987+ER; not used
743720.Psefu_0788+(plastid)
743720.Psefu_0435(+)(mitochondrial); plastid
743720.Psefu_1378+(plastid)
743720.Psefu_3690(<)+
743720.Psefu_0511+
743720.Psefu_1067+
743720.Psefu_1066(+)(ER)
743720.Psefu_2609+
743720.Psefu_3730(PF05189)
743720.Psefu_3645+
743720.Psefu_1279+
743720.Psefu_1792+
743720.Psefu_1800(>)
743720.Psefu_3017(+)(mitochondrial)
743720.Psefu_1107(<)
743720.Psefu_1076+
743720.Psefu_2299(>)
743720.Psefu_2636+
743720.Psefu_3726+
743720.Psefu_3795+
743720.Psefu_1217+
743720.Psefu_3426+
743720.Psefu_3995+
743720.Psefu_1826(<)
743720.Psefu_0665+
743720.Psefu_0663+
743720.Psefu_0829(+)(ER)
743720.Psefu_2130+
743720.Psefu_3406+
743720.Psefu_3719+
743720.Psefu_2702+
743720.Psefu_4377+
743720.Psefu_2925(>)
743720.Psefu_2454+
743720.Psefu_4014+
743720.Psefu_0065+
743720.Psefu_1324+
743720.Psefu_0470+
743720.Psefu_0277+
743720.Psefu_4171(PF06293)
743720.Psefu_3877(+)(mitochondrial)
743720.Psefu_0385(PF06945)
743720.Psefu_1708+
743720.Psefu_2383+
743720.Psefu_1631+
743720.Psefu_3676+
743720.Psefu_2079+
743720.Psefu_1832(PF02460)
743720.Psefu_4007+
743720.Psefu_4005+
743720.Psefu_3373(<)
743720.Psefu_0122+
743720.Psefu_0125(>)
743720.Psefu_4040+
743720.Psefu_0260+
743720.Psefu_0265(+)(ER)
743720.Psefu_3842(+)(plastid)
743720.Psefu_1736(+)(ER)
743720.Psefu_0931+
743720.Psefu_0733(>)
743720.Psefu_1607+
743720.Psefu_3467(+)(ER)
743720.Psefu_0869(>)
743720.Psefu_3110+
743720.Psefu_3112(<)
743720.Psefu_4159+
743720.Psefu_0252+
743720.Psefu_0251+
743720.Psefu_2413(>)
743720.Psefu_2411+
743720.Psefu_2437+
743720.Psefu_2091(PF16485)
743720.Psefu_0743(<)
743720.Psefu_1617+
743720.Psefu_1611+
743720.Psefu_2076+
743720.Psefu_2672+
743720.Psefu_3279(+)(plastid)
743720.Psefu_3478+
743720.Psefu_3104+
743720.Psefu_3108(>)
743720.Psefu_0037+
743720.Psefu_4025+
743720.Psefu_3090+
743720.Psefu_0104+
743720.Psefu_0101+
743720.Psefu_0241+
743720.Psefu_0245+
743720.Psefu_3254(+)(ER)
743720.Psefu_1340+
743720.Psefu_3827+
743720.Psefu_3411+
743720.Psefu_3442+not used
743720.Psefu_0803+
743720.Psefu_0801+
743720.Psefu_4233+
743720.Psefu_3135+
743720.Psefu_0009(+)+
743720.Psefu_3784+
743720.Psefu_0026+
743720.Psefu_1992(<)
743720.Psefu_2983+
743720.Psefu_0119+
743720.Psefu_0236+
743720.Psefu_1371(PF06945)
743720.Psefu_0584(>)
743720.Psefu_2047+
743720.Psefu_2276+
743720.Psefu_0692+
743720.Psefu_2697(+)(plastid)
743720.Psefu_2696+
743720.Psefu_2187+
743720.Psefu_2045(+)(mitochondrial)
743720.Psefu_1417+
743720.Psefu_1415+
743720.Psefu_1980+
743720.Psefu_0157+
743720.Psefu_2993+
743720.Psefu_0596(<)
743720.Psefu_3807+
743720.Psefu_3804+
743720.Psefu_1778(+)+
743720.Psefu_1776(PF06945)
743720.Psefu_2557+
743720.Psefu_0778+
743720.Psefu_2513+
743720.Psefu_3020(+)(plastid)
743720.Psefu_0527+
743720.Psefu_1569+
743720.Psefu_1420+
743720.Psefu_2855+
743720.Psefu_2853+
743720.Psefu_2850+
743720.Psefu_1955+
743720.Psefu_1954+
743720.Psefu_3016+
743720.Psefu_0179+
743720.Psefu_0213+
743720.Psefu_0214(>)
743720.Psefu_0364+
743720.Psefu_1274+
743720.Psefu_1168(>)
743720.Psefu_1164+
743720.Psefu_1090+
743720.Psefu_2033+
743720.Psefu_2083+
743720.Psefu_1782+
743720.Psefu_2144+
743720.Psefu_1435+
743720.Psefu_3142+not used
743720.Psefu_0965+
743720.Psefu_2840+
743720.Psefu_1945+
743720.Psefu_1947+
743720.Psefu_3003+
743720.Psefu_4277(>)
743720.Psefu_4276(+)(plastid)
743720.Psefu_1305+
743720.Psefu_1570+
743720.Psefu_4374+
743720.Psefu_4300+
743720.Psefu_4307+
743720.Psefu_3350+
743720.Psefu_2209+
743720.Psefu_2538(PF04303)
743720.Psefu_1620(>)
743720.Psefu_1367(+)+
743720.Psefu_3798+
743720.Psefu_1442+
743720.Psefu_3184+
743720.Psefu_0070+
743720.Psefu_3247+
743720.Psefu_3176+
743720.Psefu_1405+
743720.Psefu_0970+
743720.Psefu_3883+
743720.Psefu_0994+
743720.Psefu_0155(+)+
743720.Psefu_0151+
743720.Psefu_0523+
743720.Psefu_0309+
743720.Psefu_2801+
743720.Psefu_2802(>)
743720.Psefu_1149+
743720.Psefu_2239+
743720.Psefu_2160+
743720.Psefu_1205+
743720.Psefu_1458(+)plastid
743720.Psefu_3168+
743720.Psefu_4083(<)
743720.Psefu_0097+
743720.Psefu_0880(>)
743720.Psefu_3815(>)
743720.Psefu_3011+
743720.Psefu_1410(>)
743720.Psefu_0706+
743720.Psefu_3996(>)
743720.Psefu_0406+
743720.Psefu_1685+
743720.Psefu_3783+
743720.Psefu_2796+
743720.Psefu_2005(PF06945)not used
743720.Psefu_2002(<)
743720.Psefu_2003+
743720.Psefu_2311(+)(mitochondrial)
743720.Psefu_2172+
743720.Psefu_1661+
743720.Psefu_2482+
743720.Psefu_3683+
743720.Psefu_2814+
743720.Psefu_0969+
743720.Psefu_4247(+)(ER)
743720.Psefu_2327+
743720.Psefu_1672+
743720.Psefu_0328(+)+
743720.Psefu_2086+
743720.Psefu_1098+
743720.Psefu_1265(PF04303)
743720.Psefu_2357+
743720.Psefu_0142+
743720.Psefu_1695+
743720.Psefu_1359+
743720.Psefu_0508+
743720.Psefu_3188+not used
743720.Psefu_3532+
743720.Psefu_0055(>)
743720.Psefu_0335(+)(mitochondrial)
743720.Psefu_4331+
743720.Psefu_4187(PF06293)
743720.Psefu_4186(PF06293)
743720.Psefu_4185(PF06293)
743720.Psefu_4188(PF06293)
743720.Psefu_2777(+)
743720.Psefu_4437(+)
743720.Psefu_1288(+)
743720.Psefu_1487(+)
743720.Psefu_0193(+)
743720.Psefu_0196(+)
743720.Psefu_4353(+)
743720.Psefu_4425(+)
743720.Psefu_4423(+)
743720.Psefu_0854(+)
743720.Psefu_3522(+)
743720.Psefu_3459(+)
743720.Psefu_0077(+)
743720.Psefu_3455(+)
743720.Psefu_1257(+)
743720.Psefu_1001(+)
743720.Psefu_3228(+)
743720.Psefu_3225(+)
743720.Psefu_2285(+)
743720.Psefu_2756(+)
743720.Psefu_2757(+)
743720.Psefu_1711(+)
743720.Psefu_2362(+)
743720.Psefu_4016(+)
743720.Psefu_1017(+)
743720.Psefu_1400(+)
743720.Psefu_2723(+)
743720.Psefu_0492(+)
743720.Psefu_1709(+)
743720.Psefu_2435(+)
743720.Psefu_1634(+)
743720.Psefu_0745(+)
743720.Psefu_0902(+)
743720.Psefu_3094(+)
743720.Psefu_2657(+)
743720.Psefu_0742(+)
743720.Psefu_3381(+)
743720.Psefu_1387(+)
743720.Psefu_3372(+)
743720.Psefu_4043(+)
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Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 0.6 (6/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
    Estimated copy number = 0.6 (6/10 KEGG proteins)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 1.625 (13/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================